股东是可以在协议中约定三年后公司收购其股份的，但需满足一定条件并遵循相关法律规定。以下从不同角度为你详细分析：
法律背景与依据
《公司法》的相关规定：
- 根据《公司法》第七十四条，有下列情形之一的，对股东会该项决议投反对票的股东可以请求公司按照合理的价格收购其股权：（一）公司连续五年不向股东分配利润，而公司该五年连续盈利，并且符合本法规定的分配利润条件的；（二）公司合并、分立、转让主要财产的；（三）公司章程规定的营业期限届满或者章程规定的其他解散事由出现，股东会会议通过决议修改章程使公司存续的。这是法律规定的公司必须收购股东股权的特定情形。
- 然而，该条款并未禁止股东与公司之间通过协议约定其他情形下的股权收购。因此，从法律条文的角度来看，股东与公司之间可以协商约定非法定情形下的股权收购。
合同自由原则：
- 在民事法律关系中，合同自由原则是一项基本原则。股东与公司作为平等的民事主体，有权在协商一致的基础上签订协议，约定彼此的权利和义务。因此，只要协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，该协议就是有效的。
约定公司收购股份的注意事项
协议内容合法合规：
- 股东与公司签订的股权收购协议必须内容合法、合规，不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，协议中不得约定公司以明显不合理的低价收购股东股权，或者约定股东在公司未出现法定解散事由时强制要求公司解散等。
明确收购条件与价格：
- 协议中应明确约定收购的具体条件，如收购时间（如三年后）、收购价格的计算方式等。收购价格的计算方式应合理、公平，能够反映股权的真实价值。如果可能的话，可以约定由第三方机构进行评估确定收购价格。
考虑公司资本维持原则：
- 公司资本维持原则要求公司在存续过程中保持与其注册资本相当的实有资本。因此，在约定公司收购股东股权时，应确保公司有足够的资金支付收购款项，避免因收购行为导致公司资本减少，损害债权人的利益。
履行相关程序：
- 如果公司收购股东股权涉及减少注册资本等事项，应按照《公司法》的规定履行相应的程序，如编制资产负债表及财产清单、通知债权人并公告等。
可能的法律后果
协议有效：
- 如果股东与公司签订的股权收购协议内容合法、合规，且双方均按照协议约定履行了各自的义务，那么该协议是有效的，公司应按照协议约定收购股东的股权。
协议无效或可撤销：
- 如果协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，或者存在欺诈、胁迫等情形导致协议显失公平，那么该协议可能是无效或可撤销的。在这种情况下，股东或公司有权向法院提起诉讼，请求确认协议无效或撤销协议。
建议：在签订股权收购协议前，股东应与公司进行充分协商，明确收购条件、价格等关键条款，并确保协议内容合法、合规。如有必要，可以聘请专业律师对协议进行审查，以确保协议的有效性和可执行性。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。