董事会批准的收购协议，其股东会效力需分情况讨论，具体分析如下：
若公司章程或法律未特别规定收购协议需股东会批准：
- 董事会决策效力：根据《公司法》及相关规定，董事会是公司的执行机构，负责公司的日常经营决策。若公司章程未明确规定收购协议需股东会批准，且该收购行为属于董事会职权范围内，则董事会批准的收购协议在内部决策程序上通常是有效的。
- 股东会追认或默认：即使董事会决策后，股东会未明确表示反对或追认，从公司治理的实践角度看，若股东会未在合理期限内提出异议，可视为对董事会决策的默认或接受。但这并不改变董事会决策的原始效力，而是股东会的一种事后态度。
若公司章程或法律明确规定收购协议需股东会批准：
- 董事会决策的前置性：在此情况下，董事会批准收购协议仅是决策过程的一部分，还需提交股东会审议批准。若董事会未经股东会批准即擅自签订收购协议，则该协议在内部决策程序上存在瑕疵。
- 股东会批准的效力：若股东会后续批准了该收购协议，则协议自股东会批准之日起生效，且溯及既往地认可董事会之前的决策行为（但需注意，这种溯及既往的效力可能受到合同相对方是否知情、是否同意等因素的影响）。
- 未获股东会批准的后果：若股东会未批准收购协议，则董事会之前的决策行为无效，公司无需履行该协议，且可能需承担因违约或缔约过失等产生的法律责任。
特殊情况下的效力认定：
- 表见代表或表见代理：若董事会成员在签订收购协议时，使合同相对方有理由相信其有权代表公司签订该协议（如持有公司授权书、公章等），且合同相对方为善意、无过失，则即使董事会决策存在瑕疵或未获股东会批准，该协议仍可能对公司产生约束力。
- 公司内部治理结构的影响：若公司内部治理结构存在缺陷（如董事会与股东会职权划分不清、公司章程规定模糊等），则可能影响收购协议效力的认定。此时，需结合具体案情和法律规定进行综合分析。
法律建议：
- 完善公司章程：公司应明确规定收购协议等重大事项的决策程序，包括是否需董事会和股东会双重批准、批准的具体流程等，以避免内部决策纠纷。
- 严格决策程序：董事会在签订收购协议前，应仔细审查公司章程和法律规定，确保决策程序合法合规。若需股东会批准，应及时提交审议并等待批准结果。
- 注意合同相对方的权益：在签订收购协议时，公司应确保合同相对方了解公司的决策程序和批准要求，以避免因决策程序瑕疵而引发的法律纠纷。
若您在收购协议或公司治理方面遇到具体问题，欢迎直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。