原公司被收购后，以前签订的协议在大多数情况下仍然是有效的。这一结论主要基于法律对公司法人主体资格独立性的认可，以及合同稳定性和交易安全的保护原则。以下是对此问题的详细分析：

1. 法人主体资格未变，合同继续有效：

   • 根据《民法典》的相关规定，合同生效后，当事人不得因姓名、名称的变更或者法定代表人、负责人、承办人的变动而不履行合同义务。公司收购本质上是公司股权结构或控制权的变化，公司作为独立的法人主体资格并未因此消灭。
   • 因此，原来以被收购公司名义签订的合法有效的合同，对收购后的公司依然具有法律约束力。这意味着，除非合同中有特别约定或法律另有规定，否则原合同的所有条款和条件都应继续履行。

2. 权利义务承继，新公司需履行原合同：

   • 公司合并或分立时，其权利和义务由合并或分立后的法人享有和承担。这一原则同样适用于公司被收购的情况。
   • 收购后的新公司应承继被收购公司的权利和义务，包括原先签订的合同。这包括但不限于支付货款、提供服务、履行保密义务等。

3. 特殊情况下的合同处理：

   • 尽管原则上原合同继续有效，但在实践中也存在一些特殊情况可能导致合同无效、解除或被修改。
   • 收购协议中的特殊约定：如果收购协议中有关于合同处理的特殊约定，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么就需要按照这些特殊约定来处理部分或全部合同。
   • 合同中的自动终止或重新协商条款：如果原合同中明确约定了在公司被收购时合同自动终止或需要重新协商的条款，那么当满足这些条件时，合同可能不再继续有效或需要双方重新协商确定合同内容。
   • 重大变更导致的合同调整：如果收购过程中涉及到了资产剥离、业务重组等重大变更，这些变更可能影响原合同的履行基础或条件。在这种情况下，可能需要对原合同进行相应的调整或重新签订，以确保合同的适应性和有效性。

处理建议：

• 在处理公司被收购后的合同问题时，建议首先仔细审查原合同条款，特别是关于合同终止、变更以及控制权变动等特定情形下的条款。
• 同时，应查阅收购协议中的相关约定，了解是否有关于合同处理的特殊安排或要求。
• 如果遇到复杂或不确定的情况，建议直接向我咨询，我可以根据具体情况提供针对性的法律分析和建议。

综上所述，原公司被收购后以前签订的协议在大多数情况下仍然是有效的，但也可能存在一些特殊情况需要特别处理。因此，在处理此类问题时应谨慎行事，并寻求专业的法律支持。