结论：

1. 旷工一天扣三天工资的做法，在大多数情况下是不合法的。用人单位仅能合法地不支付旷工当天的工资，而不能额外多扣工资作为惩罚。
2. 具体的扣款情况还需参考公司规章制度和当地法律法规，但任何扣款都应确保合法、合理，且不超过法定限制。

详细分析：

1. 法律基础与规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，用人单位无权随意扣除劳动者的工资，包括以旷工为由进行额外扣款。
   • 旷工当天，用人单位有权不支付该天的工资，这是合理的。但额外扣除其他天数的工资，则构成了变相克扣工资，违反了法律规定。

2. 公司规章制度的合法性：

   • 用人单位可以制定内部规章制度来管理员工，包括旷工的处理方式和处罚措施。然而，这些规章制度必须通过民主程序制定，内容不得违反法律、行政法规及政策规定，并且需要向劳动者公示或告知。
   • 如果公司规章制度中的扣款规定显失公平，如明显超过劳动者因旷工给用人单位造成的实际损失，那么这样的规定在司法实践中可能不会被完全支持，甚至可能被认定为无效。

3. 合法的扣款方式与限制：

   • 如果劳动者旷工，用人单位可以依据合法有效的规章制度扣除其当天工资作为处罚。但额外扣除其他天数的工资是不合法的。
   • 若旷工行为给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求劳动者赔偿。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

4. 实际案例与操作建议：

   • 假设某劳动者月工资为3000元，按照月计薪天数21.75天计算，日工资约为137.93元。若该劳动者旷工一天，用人单位可以合法地不支付这137.93元。但如果用人单位额外扣除两天工资，即总共扣除413.79元（137.93元*3），则这种做法是不合法的。
   • 如果劳动者遇到用人单位以旷工为由进行不合理扣款的情况，首先可以与用人单位进行协商，要求其返还多扣的工资。若协商不成，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

总结与建议： 旷工一天扣三天工资的做法在大多数情况下是不合法的，它违反了劳动法的相关规定，损害了劳动者的合法权益。因此，建议用人单位在制定规章制度时，应确保其内容合法、合理，并严格遵守劳动法律法规。同时，劳动者在遇到类似不公正待遇时，应及时咨询并向我提问，以维护自己的合法权益。