结论：迟到6分钟扣一个小时工资通常是不正常的，这种做法可能违反了相关法律法规中关于工资支付和扣除的规定。
分析：
法律法规依据：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 迟到6分钟并未直接给用人单位造成经济损失，且即使造成损失，扣除的工资也应遵循上述比例限制，不能随意扣除一个小时的工资。
合理性分析：
- 迟到6分钟属于轻微违纪行为，通常不会对用人单位的正常运营造成重大影响。因此，扣除一个小时的工资可能显得过于严厉，不符合比例原则。
- 用人单位在制定规章制度时，应遵循公平、合理、合法的原则，确保规章制度的内容不违反法律法规的强制性规定。
可能后果：
- 如果用人单位因员工迟到6分钟而扣除一个小时的工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位返还被扣除的工资。
- 用人单位还可能因此面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。
建议：
- 对于员工：如果遇到用人单位因迟到而扣除不合理工资的情况，可以先与用人单位协商解决；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于用人单位：应制定合理的规章制度，明确迟到的处理方式和工资扣除标准，并确保规章制度的内容符合法律法规的强制性规定。同时，在处理员工违纪行为时，应遵循公平、合理、合法的原则，避免过度处罚。
举例：
假设某员工的月工资为5000元，当地月最低工资标准为2000元。如果该员工迟到6分钟，用人单位按照规章制度扣除其一个小时的工资（假设一个小时工资为50元），这种做法就是不合法的。因为即使扣除，每月扣除的部分也不得超过该员工当月工资的20%（即1000元），且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准（即2000元）。而扣除一个小时的工资显然远低于这一限制。
综上所述，迟到6分钟扣一个小时工资通常是不正常的，员工有权维护自己的合法权益，用人单位也应遵守相关法律法规和规章制度。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。