结论前置：迟到一分钟扣工资是否合法，主要取决于公司规章制度的合法性、扣工资数额的合理性以及是否存在变相克扣工资的行为。若满足合法条件，则扣工资行为合法；反之，则为不合法。

详细分析：

1. 公司规章制度的合法性：

   • 根据《劳动合同法》的规定，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。这是确保制度合法性的重要程序。
   • 制定的制度还需要向劳动者进行公示或告知，如通过张贴公告、组织培训学习等方式，让劳动者充分知晓并理解制度内容。若公司未经民主程序制定迟到扣工资的制度，或者制度未向劳动者公示，则该制度对劳动者不具有法律约束力，扣工资行为不合法。

2. 扣工资数额的合理性：

   • 《工资支付暂行规定》明确规定了因劳动者原因给用人单位造成经济损失时的赔偿限额，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
   • 对于迟到这种通常不会给公司造成实际经济损失的行为，如果公司设定的扣工资标准过高（如迟到1分钟扣几十元甚至上百元），则明显不合理且违反上述规定。例如，若员工月工资为5000元，公司规定迟到1分钟扣100元，则该规定不合理，因为扣除的金额远超过了员工可能因迟到给公司造成的损失，且扣除后员工工资可能低于当地最低工资标准。

3. 是否存在变相克扣工资的行为：

   • 用人单位不得以迟到扣工资为名，行变相克扣工资之实。故意设置严苛考勤标准，频繁以迟到为由扣工资，以降低员工实际收入，这种行为违反了《劳动法》等相关法律法规。

员工权益保护：

• 如果员工认为公司扣工资行为不合法，首先可以尝试与公司进行沟通协商，要求公司纠正错误做法。
• 若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，要求维护自己的合法权益。劳动监察部门有权对公司进行调查，并责令公司改正违法行为。
• 员工也可以寻求我的帮助，通过法律途径维权，如提起劳动仲裁或诉讼等。在劳动仲裁或诉讼过程中，员工需要提供相关证据证明公司扣工资行为的不合法性，如公司规章制度、工资条、考勤记录等。

总结： 迟到一分钟扣工资的合法性并非一概而论，而是需要根据具体情况进行判断。公司在制定相关制度时，应确保程序的合法性、内容的合理性以及充分的公示与告知，以避免引发不必要的法律纠纷。同时，员工也应了解自己的权益，对于不合法的扣工资行为要勇于维权。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。