农村房子加层被认定为违建后是否要拆除，需视具体情况而定，不能一概而论。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、倾向于拆除的情形
违反城乡规划且无法改正
- 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，对于未取得建设工程规划许可证或未按规划许可进行建设的，若无法采取改正措施消除对规划实施的影响，应限期拆除。
- 实例说明：如果农村房子加层导致建筑高度超出规划限制，或者改变了原有的建筑结构，影响了周边整体规划和空间布局，且无法通过其他措施消除影响，那么相关部门有权要求限期拆除。
存在严重安全隐患
- 法律依据：依据《建设工程质量管理条例》，建设工程必须满足安全标准。违建加层若不符合规定且存在安全隐患，必须进行处理。
- 实例说明：若加层部分建筑结构不符合安全标准，使用了劣质材料或未遵循建筑规范，导致承载能力下降，威胁到居民的生命财产安全，那么这样的加层违建应当被拆除。
二、可能不需要全部拆除的情形
可改正以消除影响
- 法律依据：同样依据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，对于尚可采取改正措施消除影响的违建加层，可以责令限期改正，并处以罚款，而不一定需要拆除。
- 实例说明：如果加层部分对整体规划影响较小，且可以通过补办手续、调整设计等方式使其符合规划要求，那么可能不需要拆除。例如，加层部分未超出规定的建筑高度，且结构安全，只是未办理相关手续，那么在补办手续后，可能可以保留。
拆除将损害公共利益
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政强制法》第四十四条，在拆除违法建筑时，需考虑公共利益。若拆除会对公共利益造成重大损害，行政机关应谨慎权衡。
- 实例说明：如果加层违建具有特殊的历史、文化或经济价值，比如是一些具有地方特色的传统建筑，拆除后将严重影响当地经济发展或破坏历史风貌，那么可能采取改造、加固等措施而非直接拆除。
三、建议与总结
- 建议：对于农村房子的加层问题，业主在进行改造或扩建前，务必了解并遵守当地的城乡规划和相关法律法规，确保改造或扩建行为合法合规。如果已经被认定为违建加层，建议积极与相关部门沟通，了解具体的处理方式和要求，争取通过改正措施消除影响，避免不必要的拆除。
- 总结：农村房子加层被认定为违建后是否要拆除，取决于多种因素，包括是否违反城乡规划、是否存在安全隐患、是否可改正以消除影响以及拆除是否会损害公共利益等。因此，在处理此类问题时，需要综合考虑各种因素，确保处理结果的合法性和合理性。
如果您在农村房子加层方面遇到法律问题，或者对违建的认定和处理有疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。