农村合作社承包人自己建的房屋的所有权归属问题，需根据具体情况来判断，一般而言，房屋所有权可能归属于承包人个人，也可能与农村合作社存在共有关系，或者房屋所有权归属于农村合作社但承包人享有使用权。以下是对这一问题的详细分析：
承包人个人所有：
- 如果承包人在承包土地上自行投资建造房屋，且该房屋的建设符合相关法律法规和规划要求，同时承包人与农村合作社之间有明确的约定，表明房屋归承包人个人所有，那么在这种情况下，房屋的所有权应归属于承包人个人。
- 例如，承包人与农村合作社签订的承包合同中明确约定，承包人在承包期内有权在承包土地上建造房屋，且房屋所有权归承包人所有。在此情况下，承包人建造的房屋即属于其个人财产。
与农村合作社共有：
- 在某些情况下，承包人与农村合作社可能共同投资建造房屋，或者承包人在建造房屋时使用了农村合作社的部分资源或资金。在这种情况下，房屋的所有权可能归属于承包人与农村合作社共有。
- 共有关系可能根据投资比例、贡献大小等因素来确定各自的所有权份额。例如，如果承包人与农村合作社各出资50%建造房屋，那么双方可能各享有50%的房屋所有权。
农村合作社所有，承包人享有使用权：
- 另一种可能是，虽然房屋是由承包人建造的，但根据相关法律法规或承包合同的约定，房屋的所有权归属于农村合作社。在此情况下，承包人可能仅享有房屋的使用权，而不得擅自处分房屋。
- 例如，某些地区的农村土地政策可能规定，承包人在承包土地上建造的房屋，其所有权归农村集体所有，承包人仅享有使用权。或者，承包合同中可能明确约定，房屋所有权归农村合作社所有，承包人仅可在承包期内使用房屋。
法律建议：
- 在确定房屋所有权归属时，应首先查阅承包合同中的相关条款，了解双方对房屋所有权的约定。
- 如果承包合同中没有明确约定，或者约定不明确，可以咨询当地农村土地管理部门或相关法律机构，了解当地的政策法规和惯例。
- 在处理房屋所有权纠纷时，建议承包人与农村合作社进行协商，寻求和解或调解的方式解决纠纷。如果协商无果，可以依法向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 如果承包人未经农村合作社同意，擅自处分房屋（如出售、抵押等），可能构成违约或侵权行为，需要承担相应的法律责任。
- 如果房屋所有权归属存在争议，且双方无法协商解决，可能引发法律纠纷，影响承包人的正常生活和生产经营活动。
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