农用地上自建房的归属问题，需根据土地性质、使用权限及具体法律规定综合判断，一般情况下，农用地上自建房的归属可能涉及土地所有权人、土地使用权人或实际建房人，具体分析如下：

一、农用地性质与自建房合法性

1. 农用地定义：农用地是指直接用于农业生产的土地，包括耕地、林地、草地、农田水利用地、养殖水面等。根据《土地管理法》的规定，农用地转为建设用地需依法办理农用地转用审批手续。

2. 自建房合法性：若未经批准在农用地上自建房，该行为可能构成违法用地，房屋可能面临被拆除、没收或罚款等法律后果。在此情况下，房屋归属问题可能因违法性而变得复杂，通常不会得到法律保护。

二、合法农用地上自建房的归属

1. 土地所有权人：在我国，土地所有权属于国家或集体所有。对于农用地而言，其所有权通常归集体所有。因此，从土地所有权的角度看，农用地上自建房的土地部分归集体所有。

2. 土地使用权人：若农用地已依法转为建设用地，并办理了土地使用权出让或划拨手续，那么土地使用权人（可能是个人、企业或其他组织）有权在该土地上建造房屋。在此情况下，房屋通常归土地使用权人所有，但需符合相关规划和建设要求。

3. 实际建房人：若实际建房人并非土地使用权人，而是基于某种协议或约定在农用地上建房，那么房屋的归属可能因协议内容而异。若协议合法有效且符合相关法律规定，房屋可能归实际建房人所有；若协议无效或存在违法情形，房屋归属可能面临争议。

三、相关法规依据

1. 《土地管理法》：该法规定了土地的所有权和使用权制度，明确了农用地转为建设用地的审批程序，以及违法用地的法律责任。

2. 《城乡规划法》：该法规定了城乡规划的制定和实施程序，要求建设活动必须符合城乡规划要求。在农用地上建房需符合当地城乡规划，否则可能面临拆除等法律后果。

3. 《民法典》：该法规定了物权的设立、变更、转让和消灭等制度，对于房屋等不动产的归属问题提供了法律依据。在合法情况下，房屋通常归土地使用权人或实际建房人所有。

四、法律建议

1. 合法用地：在农用地上建房前，务必确保已依法办理农用地转用审批手续和土地使用权出让或划拨手续，确保用地合法。

2. 遵守规划：建房活动需符合当地城乡规划要求，避免因违反规划而面临拆除等法律后果。

3. 明确协议：若实际建房人并非土地使用权人，建议签订书面协议明确房屋归属、使用权限等事项，以避免未来可能出现的争议。

4. 咨询专业：在涉及农用地上自建房的归属问题时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。

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