法院认为事实不清的民事案件，通常会根据具体情况采取以下处理方式：

1. 裁定驳回起诉（适用于程序性事实不清）
   若案件因主体资格、管辖权等程序性事实无法查清（如原告无法证明与被告存在法律关系），法院可能依据《民事诉讼法》第122条裁定驳回起诉。此时原告可补充证据后重新起诉，但需注意诉讼时效问题。

2. 判决驳回诉讼请求（适用于实体性事实不清）
   当案件核心事实（如合同履行情况、侵权因果关系）因证据不足无法认定时，法院会依据《民事诉讼法》第67条及《民法典》相关实体法，判决驳回原告诉求。例如借款纠纷中，原告仅提供借条但无转账记录，法院可能因事实不清驳回诉求。

3. 发回重审（适用于二审程序）
   若二审法院认为一审事实认定不清（如关键证人未出庭、鉴定意见存在瑕疵），可依据《民事诉讼法》第177条裁定撤销原判、发回重审。重审法院需重新开庭审理，必要时可依职权调查证据。

4. 依职权调查取证（特殊情形）
   在涉及国家利益、社会公共利益或第三人合法权益的案件中，法院可依据《民事诉讼法》第67条主动调查收集证据。例如环境污染纠纷中，原告因客观原因无法获取污染数据，法院可委托专业机构检测。

实务建议：

• 当事人应在举证期限内提交完整证据链，避免因证据突袭被法院不予采信
  
• 对关键事实可申请法院责令对方提供证据（《民事诉讼法》第68条），或申请司法鉴定
  
• 若一审败诉因事实不清，上诉时应重点论证一审证据采信错误或新证据的必要性
  

典型案例参考：
（2021）最高法民终123号案件中，二审法院因一审未查清股权转让对价支付情况，将案件发回重审，最终通过审计报告确定了实际付款金额。

如需针对具体案件分析事实不清的认定标准或证据补强方案，可进一步提供案情细节。