可以按离婚协议约定的指定法院起诉扶养费，但需满足一定条件。具体分析如下：

1. 协议管辖的合法性基础
   根据《民事诉讼法》第35条，合同或其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择与争议有实际联系地点的法院管辖。虽然扶养费纠纷属于人身关系纠纷，但若离婚协议中明确约定了管辖法院（如双方户籍地、经常居住地或扶养义务履行地法院），且该约定不违反级别管辖和专属管辖规定，法院通常会尊重当事人意思自治。例如，若双方约定“因扶养费产生的争议由甲方住所地法院管辖”，而甲方住所地与争议有实际联系（如扶养费支付地），则该约定有效。

2. 需排除法定专属管辖的情形
   若扶养费纠纷涉及未成年人抚养，需注意《民事诉讼法》第22条对未成年人监护案件的专属管辖规定（由被监护人住所地法院管辖）。但若离婚协议中的管辖约定与被监护人住所地一致，或纠纷性质更偏向于夫妻间财产给付（如成年子女扶养费），则协议管辖的适用空间更大。实践中，法院会综合判断协议管辖是否损害弱势方利益或公共利益。

3. 实务建议

• 审查协议条款：确认离婚协议中是否明确约定了管辖法院，且条款表述无歧义（如“因本协议产生的争议”是否涵盖扶养费纠纷）。
  
• 准备实际联系证据：若约定法院与争议无直接关联（如双方户籍均不在该地），需收集证据证明该地与扶养义务履行、财产所在地等存在实际联系（如子女在该地生活、扶养费支付账户开户行在该地）。
  
• 备选方案：若协议管辖被认定无效，可依据《民事诉讼法》第22条（被告住所地或扶养义务履行地法院）或第23条（原告住所地法院，需符合特定条件）重新确定管辖法院。

提示：若离婚协议未约定管辖法院，或约定被认定无效，需根据法定管辖规则确定起诉法院。如有具体协议条款或案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。