结论：合作社股份被扣缴物业费是否合法，需视具体情况而定，包括合作社章程、相关协议以及法律法规的规定。
一、从合作社章程与协议角度分析
合作社章程规定：
- 合作社的章程是其内部管理的“宪法”，其中会明确规定成员的权利与义务，包括物业费的缴纳方式、标准以及是否允许以股份抵扣等。
- 若章程中明确规定了可以用股份抵扣物业费，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么合作社扣缴股份作为物业费的行为就是合法的。
- 若章程中没有此类规定，或者规定不明确，则需要进一步分析合作社与成员之间是否签订了相关协议。
合作社与成员之间的协议：
- 合作社与成员之间可能会就物业费的缴纳签订专门的协议，协议中可能会约定以股份抵扣物业费的具体方式和条件。
- 如果协议中明确约定了以股份抵扣物业费，且该协议是双方真实意思表示，不违反法律法规的强制性规定，那么合作社扣缴股份作为物业费的行为也是合法的。
- 如果协议中没有此类约定，或者约定不明确，则合作社不能单方面扣缴股份作为物业费。
二、从法律法规角度分析
《中华人民共和国民法典》的相关规定：
- 根据《民法典》中关于物权、合同以及合作社的相关规定，合作社与成员之间的权利义务关系应当遵循平等、自愿、公平、诚实信用的原则。
- 合作社扣缴股份作为物业费，必须基于合法有效的约定或规定，且不得损害成员的合法权益。
其他相关法律法规：
- 除了《民法典》外，还可能涉及《中华人民共和国公司法》（如果合作社具有公司性质）、《中华人民共和国农民专业合作社法》等法律法规。
- 这些法律法规可能对合作社的内部管理、成员权利义务等方面有具体规定，需要结合具体情况进行分析。
三、可能存在的法律后果与建议
法律后果：
- 如果合作社未经合法约定或规定，单方面扣缴股份作为物业费，可能构成对成员财产权的侵害，成员有权要求合作社返还股份或赔偿损失。
- 同时，合作社的行为也可能受到相关监管部门的处罚。
建议：
- 对于合作社：在扣缴股份作为物业费前，应确保有合法有效的约定或规定作为依据，并充分告知成员相关情况，保障成员的知情权、参与权和监督权。
- 对于成员：如果认为合作社的行为侵犯了自己的合法权益，可以与合作社协商解决；协商不成的，可以向相关监管部门投诉或提起诉讼。
如有具体案例或进一步疑问，可以直接向我咨询，我会结合具体情况为你提供更详细的法律分析。