核心结论：为防止原房主有债务纠纷，在签订农村自建房过户协议时，需在协议中明确债务承担条款、设置违约责任、进行产权调查与确认，并确保协议具备合法有效的形式要件。以下为详细说明：

1. 明确债务承担条款

   • 在过户协议中，要清晰、明确地约定原房主在房屋过户前的所有债务均由其自行承担，与新房主无关。例如可以这样表述：“甲方（原房主）保证，在签订本协议之日前，该房屋不存在任何未披露的债务纠纷，包括但不限于因该房屋产生的借款、抵押、担保等债务。若因该房屋在过户前存在的债务问题导致乙方（新房主）遭受任何损失，甲方应承担全部赔偿责任。”
   • 同时，要求原房主提供一份详细的债务清单，并承诺如有隐瞒债务情况，将承担相应的法律后果。这可以在一定程度上约束原房主如实披露债务信息，减少后续因债务纠纷带来的风险。

2. 设置违约责任

   • 为了增强协议的约束力，需要设置明确的违约责任条款。如果原房主违反债务承担的约定，给新房主造成损失的，应规定原房主需支付一定数额的违约金，或者按照实际损失进行赔偿。违约金的数额可以根据房屋的价值、可能产生的损失等因素合理确定，例如可以约定违约金为房屋总价款的[X]%。
   • 例如：“若甲方违反本协议中关于债务承担的约定，导致乙方遭受损失的，甲方除应赔偿乙方的全部损失外，还应向乙方支付房屋总价款[X]%的违约金。”这样的约定可以在原房主违约时，为新房主提供有效的救济途径，保障新房主的合法权益。

3. 进行产权调查与确认

   • 在签订过户协议之前，新房主应通过合法途径对房屋的产权状况进行全面调查。可以到当地的房地产管理部门查询房屋的产权登记信息，了解房屋是否存在抵押、查封等限制交易的情况。同时，要确认原房主是否为房屋的合法所有权人，是否存在共有权人等情况。
   • 如果发现房屋存在产权纠纷或债务问题，应及时与原房主协商解决，或者在协议中明确约定解决方式。例如，如果房屋存在抵押情况，可以要求原房主在过户前解除抵押，或者在协议中约定由原房主负责处理抵押事宜，确保房屋能够顺利过户到新房主名下。

4. 确保协议具备合法有效的形式要件

   • 过户协议应当采用书面形式签订，并由双方当事人签字或盖章确认。协议的内容应当符合法律法规的规定，不得违反公序良俗。同时，要注意协议的签订日期、地点等信息的填写，确保协议的真实性和有效性。
   • 如果可能的话，可以邀请见证人见证协议的签订过程，或者在签订协议后进行公证。公证可以增强协议的证明力，在发生纠纷时，公证文书可以作为有效的证据使用，为新房主维护自身权益提供有力支持。

注意事项：农村自建房的过户可能受到当地政策、土地性质等因素的限制，在签订过户协议前，建议先了解清楚当地的相关规定，确保过户行为合法有效。如果在协议签订或履行过程中遇到任何问题，可以直接向我咨询。