核心结论：旱改水项目中村里违法占用土地给农民的补偿，需根据违法占用主体、占用行为性质及造成的实际损失等情况，通过协商、行政处理或诉讼等途径确定合理补偿，具体如下：

1. 明确违法占用主体与行为性质

   • 若占用主体是村委会或村集体经济组织，其未经法定程序（如未召开村民会议或村民代表会议表决、未报经相关部门批准等）擅自将旱地改为水田并占用农民土地，属于违法占用集体土地行为。
   • 若占用主体是外部企业或个人，与村里存在合作或租赁等关系，在未取得合法用地手续（如未办理农用地转用审批、未签订合法土地流转合同等）的情况下占用土地，同样构成违法占用。

2. 确定补偿依据与原则

   • 法律依据：主要依据《中华人民共和国土地管理法》《中华人民共和国农村土地承包法》等相关法律法规。根据法律规定，任何单位和个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让土地，违法占用土地应承担相应的法律责任，同时应给予被占地农民合理补偿。
   • 补偿原则：补偿应遵循公平、合理、等价有偿的原则，充分考虑农民因土地被占用而遭受的实际损失，包括土地本身的收益损失、地上附着物（如农作物、树木等）的损失以及因土地占用导致的其他间接损失等。

3. 具体补偿方式与标准

   • 协商补偿：在违法占用行为被发现后，占用方应主动与被占地农民进行协商，就补偿方式、补偿标准等达成一致意见。补偿方式可以是一次性货币补偿，也可以是提供其他等值的土地或资产进行置换补偿。补偿标准应参考当地类似土地的市场价格、土地的年收益等因素确定。
   • 行政处理补偿：如果协商不成，被占地农民可以向当地国土资源部门、农业农村部门等相关行政部门投诉举报。行政部门在调查核实后，会责令占用方停止违法行为，限期退还非法占用的土地，并可以根据实际情况要求占用方给予被占地农民相应的补偿。补偿标准由行政部门根据实际情况和相关法律法规进行裁定。
   • 诉讼补偿：若通过协商和行政处理均无法解决补偿问题，被占地农民可以向人民法院提起诉讼，要求占用方承担侵权责任并给予合理补偿。在诉讼过程中，法院会根据双方提供的证据和相关法律法规，对补偿金额进行判决。

4. 特殊情况处理

   • 土地复垦与恢复：如果违法占用土地导致土地破坏或生态环境受损，占用方除了给予农民经济补偿外，还应承担土地复垦和生态环境恢复的责任。复垦和恢复的费用可以纳入补偿范围，由占用方承担。
   • 历史遗留问题处理：对于一些历史遗留的违法占用土地问题，如因政策调整、规划变更等原因导致的长期占用且未给予合理补偿的情况，应结合当时的政策法规和实际情况，通过协商、调解或政府出台相关政策等方式妥善解决补偿问题。

温馨提示：在处理旱改水项目中违法占用土地补偿问题时，农民应保留好相关证据，如土地承包合同、土地权属证书、地上附着物证明等，以便在协商、行政处理或诉讼过程中维护自己的合法权益。如果您在补偿过程中遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会为您提供详细的法律解答和帮助。