针对您提出的“公司怀孕员工请长假应该如何处理”的问题，这主要涉及到孕期女职工的劳动保护权益。以下是根据相关法律法规及常规做法，为您提供的详细解答：
一、法律法规依据
首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动法》、《女职工劳动保护特别规定》以及各地方的女职工劳动保护办法（如您提到的《辽宁省女职工劳动保护办法》或《山东省女职工劳动保护办法》等，具体依据您所在地区的法规），用人单位有义务对孕期女职工给予特殊的劳动保护。
二、孕期女职工的劳动保护权益
不安排禁忌劳动：用人单位不得安排孕期女职工从事国家规定的孕期禁忌从事的劳动，如高处作业、低温作业、冷水作业等。
产前检查时间计入劳动时间：孕期女职工在劳动时间内进行产前检查，所需时间应计入劳动时间，用人单位不得因此扣减工资或视为缺勤。
调整工作岗位或减轻劳动量：如果孕期女职工不能适应原岗位工作，用人单位应根据医疗机构的诊断证明，减轻其劳动量或者安排其他能够适应的岗位。
特殊休息安排：对于怀孕不满3个月且妊娠反应严重，或者怀孕7个月以上的女职工，用人单位不得延长其劳动时间或者安排其从事夜班劳动，并在每日劳动时间内安排不少于1小时的休息时间。
三、关于请长假的处理
保胎休息：如果女职工有先兆流产症状或者有习惯性流产史，并本人提出保胎休息的，用人单位应当根据医疗机构或者妇幼保健机构的诊断和单位实际情况适当安排。这种情况下，女职工可以请长假进行保胎休息。
协商离岗休息：对于孕期女职工上班确有困难申请离岗休息的，用人单位可以与女职工协商，根据实际情况安排其离岗休息，并可能涉及工资、福利等待遇的调整。这种协商应基于双方平等、自愿的原则，并确保女职工的合法权益不受侵害。
产假及哺乳假：女职工生育后享受产假，产假期满后，经本人申请，用人单位同意，还可以请哺乳假至婴儿满1周岁。这些假期都是法定的，用人单位必须给予。
四、建议与注意事项
加强沟通：用人单位应与孕期女职工保持密切沟通，了解其身体状况和需求，及时提供必要的帮助和支持。
完善制度：用人单位应建立健全女职工劳动保护制度，明确孕期、产期、哺乳期等特殊时期的劳动保护措施和待遇标准。
依法处理：在处理孕期女职工请长假等问题时，用人单位应严格遵守相关法律法规，确保女职工的合法权益不受侵害。
提供关怀：除了物质上的支持外，用人单位还应关注孕期女职工的心理健康，提供必要的关怀和心理疏导。
综上所述，对于公司怀孕员工请长假的问题，用人单位应根据相关法律法规和实际情况进行妥善处理，确保女职工的合法权益得到充分保障。