结论：工程施工中罚款和违约金不必然必须在结算时扣除，在结算完成后也可以单独扣除，但具体能否扣除以及扣除的方式和程序，需依据合同约定、法律规定以及实际履行情况来确定。以下从不同角度进行分析：

从合同约定的角度

1. 合同有明确约定：如果施工合同中明确约定了罚款和违约金的扣除时间、方式等条款，那么双方应当按照合同约定执行。例如，合同可能规定在结算时一并扣除罚款和违约金，也可能规定在结算完成后，根据实际违约情况单独扣除。在这种情况下，只要合同条款不违反法律、行政法规的强制性规定，就应当按照合同约定来处理。
2. 合同无明确约定：若合同中没有明确约定罚款和违约金的扣除时间和方式，那么双方可以协商确定。协商不成的，可以根据交易习惯、行业惯例或者相关法律规定来确定。在这种情况下，结算完成后单独扣除罚款和违约金也是有可能的，但需要确保扣除的合理性和合法性。

从法律规定的角度

1. 罚款的合法性：罚款通常指的是行政机关对违法行为人的一种行政处罚。在工程施工合同中，双方约定的“罚款”可能并非真正意义上的行政处罚，而是一种违约责任的承担方式。如果这种约定不违反法律、行政法规的强制性规定，且是双方真实意思的表示，那么这种约定是有效的。因此，在结算完成后，如果一方存在违约行为，另一方可以根据合同约定单独扣除罚款。
2. 违约金的性质：违约金是合同双方约定的，在一方违约时向另一方支付的一定数额的金钱。根据《民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。因此，在结算完成后，如果一方存在违约行为，另一方有权根据合同约定要求支付违约金，这通常表现为单独扣除违约金。

从实际履行的角度

1. 结算时的扣除：在结算时扣除罚款和违约金可以简化流程，减少后续纠纷。如果双方在结算时已经就罚款和违约金的扣除达成一致，并进行了相应的扣除，那么结算完成后就不应再单独扣除。
2. 结算完成后的扣除：如果结算时未扣除罚款和违约金，但后续发现一方存在违约行为，那么另一方有权根据合同约定或法律规定要求支付罚款或违约金。在这种情况下，结算完成后单独扣除罚款或违约金是合理的，但需要确保扣除的依据充分、程序合法。

建议：

• 在签订施工合同时，双方应明确约定罚款和违约金的扣除时间、方式等条款，以避免后续纠纷。
• 在结算过程中，双方应仔细核对合同条款和实际履行情况，确保罚款和违约金的扣除符合合同约定和法律规定。
• 如果结算完成后发现需要扣除罚款或违约金，双方应协商解决；协商不成的，可以寻求法律途径解决。

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