《中华人民共和国税收征收管理法》第六十条与第六十四条第二款在税收征管实践中具有不同的适用场景和法律效果，主要区别体现在违法行为类型、处罚措施及法律后果上。以下是对这两款条文的详细对比分析：
一、违法行为类型
第六十条：
- 该条款主要针对的是纳税人未按照规定设置、保管帐簿或者保管记帐凭证和有关资料，或者未按照规定将财务、会计制度或者财务、会计处理办法和会计核算软件报送税务机关备查等行为。
- 这些行为通常不涉及直接偷逃税款，但违反了税收征管的基本程序和要求，可能影响税务机关对纳税人税收情况的准确掌握。
第六十四条第二款：
- 此条款针对的是纳税人进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的行为。
- 这种行为具有主观故意性，旨在通过虚假申报来逃避税收义务，直接导致国家税收的流失。
二、处罚措施
第六十条：
- 税务机关将责令纳税人限期改正，并可以处以二千元以下的罚款。
- 情节严重的，处二千元以上一万元以下的罚款。
- 处罚相对较轻，主要目的是督促纳税人遵守税收征管程序。
第六十四条第二款：
- 税务机关将追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。
- 若构成犯罪，还将依法追究刑事责任。
- 处罚相对较重，旨在严厉打击偷逃税款的行为，保护国家税收利益。
三、法律后果
第六十条：
- 违法行为主要影响税收征管的程序性要求，不直接导致税款流失。
- 纳税人改正后，通常不会面临严重的法律后果，除非情节严重或拒不改正。
第六十四条第二款：
- 违法行为直接导致国家税收的流失，具有严重的社会危害性。
- 纳税人除面临税务机关的处罚外，还可能因构成犯罪而面临刑事责任的追究。
四、实际应用中的注意事项
- 区分违法行为类型：在处理税收违法行为时，税务机关应准确区分是违反税收征管程序的行为（如第六十条所规定）还是偷逃税款的行为（如第六十四条第二款所规定），以便适用正确的法律条款进行处罚。
- 综合考量违法情节：对于同时涉及多种违法行为的纳税人，税务机关应综合考量其违法情节的严重程度、主观故意性、社会危害性等因素，合理确定处罚措施和力度。
- 加强宣传教育：税务机关在处罚的同时，应加强税收法律法规的宣传教育，提高纳税人的税法遵从度，引导其自觉履行税收义务。
总结来看，《征管法》第六十条与第六十四条第二款在违法行为类型、处罚措施及法律后果上存在显著差异。税务机关在处理相关案件时，应严格遵循法律法规，确保处理的公正性和合理性。若您在税收征管方面遇到具体问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。