关于《税收征收管理法》第六十四条第二款的适用，其核心在于对纳税人未按照规定设置、保管账簿或者保管记账凭证和有关资料，以及未按照规定将财务、会计制度或者财务、会计处理办法报送税务机关备查这两种违法行为的处罚规定。以下是对该条款适用的详细分析：

一、条款内容解读

《税收征收管理法》第六十四条第二款规定：“纳税人未按照规定设置、保管账簿或者保管记账凭证和有关资料的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，处二千元以上一万元以下的罚款。纳税人未按照规定将财务、会计制度或者财务、会计处理办法报送税务机关备查的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，处二千元以上一万元以下的罚款。”

二、适用条件分析

1. 未按照规定设置、保管账簿或记账凭证

   • 设置账簿：纳税人应按照税收法律法规的规定，设置符合要求的账簿，用于记录企业的经营活动和财务状况。
   • 保管账簿和记账凭证：纳税人应妥善保管账簿和记账凭证，确保其完整性和真实性，以备税务机关查验。
   • 违法行为认定：若纳税人未设置账簿，或账簿设置不符合规定，或未妥善保管账簿和记账凭证，导致税务机关无法查验或查验时发现账簿、记账凭证不完整、不真实，即构成违法行为。

2. 未按照规定报送财务、会计制度或处理办法

   • 报送要求：纳税人应按照税收法律法规的规定，将企业的财务、会计制度或财务、会计处理办法报送税务机关备查。
   • 违法行为认定：若纳税人未报送或未按时报送，或报送的内容不符合规定，即构成违法行为。

三、处罚措施及幅度

1. 责令限期改正：税务机关在发现纳税人存在上述违法行为时，首先会责令纳税人限期改正，即要求纳税人在规定期限内设置、保管好账簿或记账凭证，或报送符合规定的财务、会计制度或处理办法。

2. 罚款：

   • 一般情节：对于一般情节的违法行为，税务机关可以处二千元以下的罚款。
   • 情节严重：对于情节严重的违法行为，如多次违法、拒不改正、造成严重后果等，税务机关可以处二千元以上一万元以下的罚款。

四、实际应用中的注意事项

1. 证据收集：税务机关在处罚前应充分收集证据，证明纳税人存在违法行为，如账簿、记账凭证的缺失或不符合规定，或未报送财务、会计制度或处理办法等。

2. 程序合法：税务机关在处罚过程中应遵循法定程序，如责令限期改正的通知、听证、处罚决定等，确保处罚的合法性和公正性。

3. 纳税人权益保护：纳税人在接到税务机关的处罚通知后，有权进行陈述和申辩，甚至申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

五、案例分析

假设某企业未按照规定设置账簿，且未妥善保管记账凭证，导致税务机关在查验时无法获取完整的财务信息。税务机关在发现该违法行为后，首先责令该企业限期改正，即要求其在规定期限内设置符合规定的账簿，并妥善保管记账凭证。若该企业未在规定期限内改正，税务机关则根据《税收征收管理法》第六十四条第二款的规定，对其处以二千元以上一万元以下的罚款。

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