关于您提出的“刑法第一百六十三条第二款怎么理解适用”的问题，首先需要明确的是，刑法第一百六十三条主要规定的是非国家工作人员受贿罪，而非您可能混淆的其他条款。接下来，我将针对这一法条的第二款进行详细解读。

一、法条原文及基本含义

《中华人民共和国刑法》第一百六十三条第二款规定：“公司、企业或者其他单位的工作人员在经济往来中，利用职务上的便利，违反国家规定，收受各种名义的回扣、手续费，归个人所有的，依照前款的规定处罚。”

这款法条主要打击的是公司、企业或其他单位工作人员在经济活动中，利用职务之便，非法收受回扣、手续费等不正当利益的行为。这种行为不仅损害了单位的利益，也破坏了市场的公平竞争环境，因此法律对此进行了严厉的规制。

二、构成要件分析

1. 主体要件：犯罪主体为公司、企业或者其他单位的工作人员。这包括但不限于公司的董事、监事、经理、财务人员等，只要是在单位中担任一定职务，能够利用职务便利的人员。

2. 客观要件：

   • 在经济往来中：这指的是在单位的经济活动中，如采购、销售、合作等过程中。
   • 利用职务上的便利：即利用自己职务上的地位、条件或影响，为他人谋取利益或为自己谋取不正当利益。
   • 违反国家规定，收受各种名义的回扣、手续费：这里的“国家规定”主要指的是国家关于禁止商业贿赂的相关规定。回扣、手续费等可能是以各种名义出现的，如咨询费、信息费、劳务费等，但实质上是非法的不正当利益。
   • 归个人所有：即收受的回扣、手续费等被个人非法占有，而非上交单位或用于单位公务。

3. 主观要件：犯罪主观方面为故意，即明知自己的行为违反国家规定，会损害单位利益，仍然希望或放任这种结果的发生。

三、法律适用与量刑标准

根据该法条的规定，对于符合上述构成要件的行为，将依照前款（即非国家工作人员受贿罪的基本刑罚标准）的规定处罚。具体来说，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。

四、实际应用中的注意事项

1. 准确认定职务便利：在司法实践中，需要准确认定行为人是否利用了职务上的便利。这要求对行为人的职务范围、职责权限等进行详细审查。

2. 区分合法与非法利益：不是所有的回扣、手续费都是非法的。如果回扣、手续费是合法合规的，且上交单位或用于单位公务，则不构成犯罪。因此，需要仔细区分合法与非法利益。

3. 关注数额与情节：在量刑时，需要关注行为人收受的回扣、手续费的数额以及是否有其他严重情节。数额越大、情节越严重，刑罚也就越重。

五、建议与咨询

由于刑法条款的适用往往涉及复杂的法律事实和证据认定，因此在实际应用中，如果您或您身边的人涉及此类问题，建议尽快咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供最权威、最准确的法律意见和帮助，确保您的合法权益得到保护。

综上所述，刑法第一百六十三条第二款主要打击的是公司、企业或其他单位工作人员在经济活动中利用职务之便非法收受回扣、手续费等不正当利益的行为。在理解和适用该法条时，需要准确把握其构成要件、量刑标准以及实际应用中的注意事项。