结论前置
逾期支付工程款应支付违约金的法律依据主要来源于《中华人民共和国民法典》的相关规定。具体来说，违约金的支付需依据合同中的明确约定，若合同无约定或约定不明确，则可依据法律规定进行主张。以下是对此问题的详细分析：
一、违约金的法律依据
《中华人民共和国民法典》第五百七十七条：
- 该条款规定了违约责任的基本原则，即当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。在工程款支付场景中，若发包方逾期支付工程款，则构成违约，应承担相应的违约责任。
《中华人民共和国民法典》第五百八十五条：
- 该条款具体规定了违约金的约定方式及其调整原则。当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。若约定的违约金低于造成的损失，人民法院或仲裁机构可根据当事人请求予以增加；若约定的违约金过分高于造成的损失，同样可根据当事人请求予以适当减少。
二、违约金的约定与计算
合同有约定：
- 若建设工程合同中明确规定了逾期付款违约金的计算方式，如“每逾期一日，按未付款金额的万分之五支付违约金”，则应严格按照合同约定执行。
合同无约定或约定不明确：
- 若合同未约定违约金或约定不明确，则可参照中国人民银行发布的同期同类贷款利率（现为全国银行间同业拆借中心公布的一年期贷款市场报价利率LPR）计息，并可考虑实际损失进行适当调整。在实际操作中，承包方需提供充分证据证明其因发包方逾期支付工程款所遭受的实际损失，以便在主张违约金时得到法院或仲裁机构的支持。
三、违约金的调整机制
过高调整：
- 若约定的违约金过分高于实际损失（通常超过损失的30%），发包方可向法院或仲裁机构申请适当减少违约金数额。法院或仲裁机构在裁量时，会综合考虑合同履行情况、违约程度、实际损失等因素，确保违约金数额既不过高也不过低。
过低调整：
- 若约定的违约金低于承包方因发包方逾期支付所遭受的实际损失，承包方可请求法院或仲裁机构增加违约金数额。同样，法院或仲裁机构在裁量时会综合考虑各种因素，确保违约金数额能够合理补偿承包方的实际损失。
四、违约金的计算起始时间
合同有约定：
- 按合同约定的付款时间确定起算日。例如，若约定工程竣工验收合格后30日内支付工程款，则从第31日起开始计算违约金。
合同无约定：
- 根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定，以实际交付日、提交竣工结算文件日或起诉日为应付款时间，并据此起算违约金。具体选择哪个时间点作为应付款时间，需根据案件具体情况和法院或仲裁机构的裁量来确定。
五、主张违约金的注意事项
保存证据：
- 承包方应妥善保管与工程款支付相关的所有证据，包括合同、工程进度报告、竣工验收文件、催款函等。这些证据在主张违约金时至关重要，能够证明发包方的违约行为及承包方的实际损失。
及时主张权利：
- 承包方应在发现发包方逾期支付工程款后，及时按照合同约定的方式和期限向其主张违约金。若超过诉讼时效（一般为三年），则可能丧失胜诉权。因此，及时主张权利是维护自身合法权益的关键。
六、实际操作建议
明确约定违约金条款：
- 在签订建设工程合同时，双方应充分协商并明确约定逾期付款违约金的计算方式、标准及其调整机制。这有助于减少后续争议和风险，确保合同条款的合法性和有效性。
咨询专业律师：
- 在涉及复杂法律问题时，建议咨询专业律师以确保自身权益得到充分保护。作为专业律师，我可以为你提供详细的法律咨询和诉讼代理服务，帮助你解决工程款纠纷等问题。
综上所述，逾期支付工程款应支付违约金的法律依据主要来源于《中华人民共和国民法典》的相关规定。在实际操作中，双方应明确约定违约金条款，并在发生逾期支付时及时主张权利。若遇到复杂法律问题，建议咨询专业律师以获取更详细的法律建议。