结论前置：公司以业绩不达标为由扣除工资是否合法，需根据劳动合同约定、公司规章制度以及相关法律法规综合判断。若合同或制度中有明确且合法的规定，且执行过程符合法律要求，则可能合法；反之，则可能构成违法行为。
一、合法性分析
劳动合同约定：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。若劳动合同中明确约定了业绩考核标准及未达标时的工资扣减方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位按照约定扣减工资是合法的。
- 具体分析：劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于劳动报酬、绩效考核及扣罚规定等内容。若合同中有明确约定，且劳动者已签字确认，则视为双方对此达成一致，用人单位有权按照约定执行。
公司规章制度：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并确保内容不违反法律法规的强制性规定。同时，用人单位应将规章制度公示或告知劳动者。
- 具体分析：若公司规章制度中明确规定了业绩考核标准及未达标时的工资扣减方式，且该制度已经过民主程序制定、公示或告知劳动者，那么在此情况下，用人单位按照制度扣减工资也是合法的。但需注意，规章制度内容必须合理合法，不得显失公平。
法律法规限制：
- 最低工资标准：依据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，用人单位支付的工资不得低于当地最低工资标准。若因业绩不达标扣减后，工资低于此标准，则扣工资行为违法。
- 克扣工资禁止：除非有合法依据，否则用人单位不得克扣劳动者工资。若劳动合同或规章制度中未明确规定业绩与工资挂钩的具体办法，或虽有规定但未经法定程序制定和公示，用人单位随意以业绩不达标为由扣减工资，即构成克扣工资，属于违法行为。
二、应对措施
与公司协商：
- 劳动者在发现工资被扣后，应首先尝试与用人单位沟通，了解扣工资的具体依据和计算方式，并提出自己的意见和诉求。通过协商，双方可能达成解决方案，如调整考核标准、提供改进机会等。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 若协商无果，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的，可进一步向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，劳动者需准备充分证据，如劳动合同、工资条、业绩考核记录等，以支持自身主张。
- 仲裁流程：提交书面仲裁申请书，载明劳动者和用人单位的基本信息、仲裁请求、事实和理由、证据等事项。仲裁庭将根据双方提供的证据和陈述进行审理，并作出仲裁裁决。
- 诉讼流程：如对仲裁裁决不服，可在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。提交起诉状，载明当事人的基本信息、诉讼请求、事实和理由、证据等事项。法院受理后会安排开庭审理，双方当事人需进一步举证、质证和辩论，法院将根据审理情况作出判决。
加强合同签订前的审查：
- 为避免未来可能出现的纠纷，劳动者在签订劳动合同时应仔细审查合同条款，特别是关于劳动报酬、绩效考核及扣罚规定等内容。确保合同条款明确、合法、合理，并充分了解自己的权利和义务。
三、实际案例与启示
- 案例一：某公司员工因业绩不达标被扣减工资，但劳动合同中并未明确约定业绩与工资挂钩的具体办法。员工向劳动争议仲裁委员会申请仲裁后，仲裁庭认为公司扣减工资的行为缺乏合法依据，裁决公司支付被扣减的工资及相应的经济补偿。
- 启示：用人单位在制定规章制度或签订劳动合同时，应明确业绩考核标准及未达标时的工资扣减方式，并确保这些规定符合法律法规的要求。同时，劳动者在签订合同时也应仔细审查合同条款，避免未来可能出现的纠纷。
总结与建议：面对公司以业绩不达标为由扣除工资的情况，劳动者应首先了解相关法律法规和合同条款，明确自己的权利和义务。若认为公司的行为违法或不合理，可通过与公司协商、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径来维护自身合法权益。同时，建议劳动者在签订劳动合同时仔细审查合同条款，确保自己的权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。