在处理虚开案件时，税款追征期、处罚时效以及刑事追诉时效的应用是三个核心且相互关联的法律问题。以下是对这三个方面的详细阐述：

一、税款追征期

税款追征期主要关注的是税务机关在发现税款流失后，有权在多长时间内进行追征。这通常与税款的性质、流失原因及税务机关的发现时间等因素有关。在虚开案件中，如果税务机关能够证明税款是由于虚开发票行为而流失的，那么他们通常会在发现后的法定期限内进行追征。这个期限可能因地区或具体税法规定而有所不同，但一般原则是税务机关应尽快行使追征权，以保障国家税收利益。

二、处罚时效

处罚时效，或称为行政处罚时效，是指行政机关对违法行为人进行行政处罚的有效期限。在虚开案件中，如果涉及的是行政处罚（如罚款、没收违法所得等），那么处罚时效将依据相关行政法规来确定。一般来说，行政机关在发现违法行为后，应在法定期限内作出处罚决定。如果超过这个期限，行政机关可能将失去处罚权。处罚时效的具体长度取决于违法行为的性质、情节以及相关法律法规的规定。

三、刑事追诉时效

刑事追诉时效是刑法中规定的一个关键概念，它决定了国家刑事司法机关对犯罪嫌疑人进行刑事追诉的有效期限。在虚开案件中，如果虚开行为构成犯罪（如虚开增值税专用发票罪），那么刑事追诉时效将依据《中华人民共和国刑法》的相关规定来确定。

1. 追诉时效的基本原则：

   • 根据《刑法》第八十七条，犯罪经过一定期限不再追诉。这个期限与犯罪可能面临的法定最高刑直接相关。

2. 具体追诉时效的划分：

   • 对于虚开增值税专用发票罪，如果犯罪情节相对较轻，如虚开发票金额较小，未造成严重后果，法定最高刑为不满五年有期徒刑，那么追诉时效为五年。
   • 如果虚开发票金额较大或有其他严重情节，如造成较大社会危害，法定刑为三年以上十年以下有期徒刑，并处相应罚金，那么追诉时效为十年。
   • 如果虚开发票金额特别巨大，或造成特别严重社会危害，法定最高刑为十年以上有期徒刑或无期徒刑，并处相应罚金或没收财产，那么追诉时效可能为十五年或二十年（若判处无期徒刑，且二十年后仍需追诉，须报请最高人民检察院核准）。

3. 特殊情况的追诉时效：

   • 如果在追诉期限以内又犯罪，前罪追诉的期限从犯后罪之日起计算。
   • 在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，逃避侦查或者审判的，不受追诉期限的限制。
   • 被害人在追诉期限内提出控告，人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予立案的，也不受追诉期限的限制。

四、综合应用

在实际操作中，处理虚开案件时需要综合考虑税款追征期、处罚时效和刑事追诉时效。税务机关、行政机关和刑事司法机关应各自在其职权范围内，根据案件的具体情况和相关法律法规的规定，及时、准确地行使追征权、处罚权和追诉权。同时，由于虚开案件可能涉及多个法律领域和多个机关的协作，因此加强部门间的沟通与协调也是至关重要的。

五、建议

鉴于虚开案件的复杂性和法律规定的多样性，建议企业在日常经营中严格遵守税法规定，避免涉及虚开发票等违法行为。如果一旦面临虚开案件的调查或处理，应及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和针对性的法律分析，从而更好地维护自身合法权益。