行政案件中是可以发协查函的。以下从多个角度为你详细分析：

法律依据与协查函的性质

协查函并非一种严格的法律文书名称，而是行政机关在办理案件过程中，为了获取相关证据、信息或协助调查，向其他行政机关、单位或个人发出的请求协助的函件。在行政案件中，行政机关为了查明事实、收集证据，有权向其他相关单位或个人发出协查请求。这种请求通常基于行政机关之间的协作关系或法律规定，具有合法性和正当性。

协查函的适用场景

1. 跨部门协作：在行政案件中，有时需要多个行政机关共同协作才能查明事实。例如，在处理一起涉及多个地区的环境污染案件时，环保部门可能需要向其他地区的环保部门发出协查函，请求协助调查污染源、收集证据等。
2. 获取关键证据：行政机关在办理案件时，可能需要获取某些关键证据，但这些证据可能不在其直接管辖范围内。此时，行政机关可以向掌握这些证据的单位或个人发出协查函，请求提供相关证据或协助调查。
3. 委托鉴定或评估：在行政案件中，有时需要对某些专业问题进行鉴定或评估。行政机关可以向具有相应资质的机构发出协查函，委托其进行鉴定或评估，并出具专业意见。

协查函的发出与接收

1. 发出协查函：行政机关在发出协查函时，应当明确协查的目的、内容、要求等，并附上相关证据材料或线索。同时，应当注明协查函的发出机关、日期、联系方式等信息，以便接收机关及时回复。
2. 接收协查函：接收协查函的机关或单位应当认真审查协查函的内容，并根据实际情况及时回复。如果协查函涉及的事项不属于其管辖范围或无法提供协助，应当及时告知发出机关并说明理由。

注意事项

1. 合法性与正当性：行政机关在发出协查函时，必须确保协查请求的合法性和正当性。不得滥用协查权，侵犯公民、法人或其他组织的合法权益。
2. 协作与配合：行政机关之间应当加强协作与配合，共同维护社会秩序和公共利益。在收到协查函后，应当积极提供协助，不得推诿或拒绝。
3. 保密义务：行政机关在协查过程中获取的信息和证据应当严格保密，不得泄露给无关人员或用于其他用途。

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