针对您提出的“已经登记为经营场所的被认定为违建，营业执照应如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，如果您的经营场所被认定为违法建筑，那么根据相关法律法规，这样的建筑物是不得作为生产、经营场所的。这意味着，在违法建设处置决定执行完毕前，您不仅无法继续在该场所进行经营活动，而且相关部门和单位也不会为您办理与该经营场所相关的证照、登记或备案手续。

针对您当前的情况，我建议您采取以下步骤来处理营业执照问题：

1. 了解违建认定情况：

   • 您需要首先确认您的经营场所被认定为违建的具体原因和依据，这通常涉及到当地的城乡规划、建设管理等部门的认定。

2. 停止经营活动并搬迁：

   • 在确认经营场所为违建后，您应立即停止在该场所的经营活动，并尽快寻找合法的经营场所进行搬迁。这是为了避免因继续使用违建而可能面临的法律风险和处罚。

3. 办理营业执照变更登记：

   • 根据《颍州区经营主体住所(经营场所)相关问题解答》中的规定，已经登记在禁止用于经营活动建筑物内的经营主体，应当依法及时办理住所(经营场所)变更登记。因此，您需要向当地的市场监督管理部门提交变更登记申请，并提供新的合法经营场所的相关证明材料（如不动产权属证书、租赁协议等）。

4. 配合违建处置工作：

   • 在办理营业执照变更登记的同时，您还需要积极配合当地政府或相关部门对违建的处置工作。这可能包括接受调查、提供相关证据材料、接受处罚等。

5. 关注后续法律风险：

   • 在违建处置决定执行完毕后，您还需要关注是否存在其他法律风险。例如，如果因违建问题导致您被列入严重违法失信名单或被实施联合信用惩戒等，您需要及时采取措施进行信用修复。

此外，我还想提醒您的是，根据《福建省违法建设处置若干规定》等相关法律法规，违法建筑在处置决定执行完毕前是不得作为生产、经营场所的。因此，即使您暂时未收到明确的违建处置决定，也应尽快采取行动，避免因继续使用违建而可能面临的法律风险和处罚。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。