结论：个体变成公司后，若已签订的三方协议需要处理，具体方式取决于协议内容、变更情况以及各方协商结果。以下是从不同角度给出的详细分析和建议。
一、协议内容分析
协议主体变更条款：
- 首先，应仔细审查三方协议中是否有关于主体变更的条款。如果协议中明确规定了在个体工商户转型为公司的情况下，协议的权利义务可以自动或经一定程序后由新成立的公司承继，那么处理起来就相对简单。只需按照协议约定的程序进行操作，如通知其他方、办理相关手续等。
无主体变更条款：
- 如果协议中没有明确规定主体变更的情况，那么就需要根据《民法典》等相关法律法规来处理。一般来说，个体工商户转型为公司，属于经营主体的变更，但并不影响原个体工商户在协议中的权利义务的承继。然而，为了确保协议的合法性和有效性，以及避免未来可能出现的纠纷，建议与协议的其他方进行协商，就协议主体的变更达成一致意见，并签订补充协议。
二、协商与补充协议
协商过程：
- 在协商过程中，应明确说明个体工商户转型为公司的情况，以及新公司的基本情况、经营范围、法定代表人等信息。同时，就原协议中的权利义务如何承继、变更后的协议履行方式等事项进行充分讨论，并达成一致意见。
补充协议签订：
- 协商一致后，应签订补充协议，明确协议主体的变更事项、变更后的权利义务关系、协议履行方式等。补充协议应经各方签字或盖章后生效，并作为原协议的组成部分，具有同等法律效力。
三、法律后果与风险防范
法律后果：
- 如果未经协商或未签订补充协议就擅自变更协议主体，可能会面临协议无效、被追究违约责任等法律后果。因此，务必谨慎处理协议主体的变更事项。
风险防范：
- 为了防范风险，建议在个体工商户转型为公司前，就与协议的其他方进行沟通，说明转型计划，并就协议主体的变更进行初步协商。同时，在转型过程中，及时办理相关手续，如工商变更登记、税务变更登记等，确保新公司的合法性和有效性。此外，还可以考虑在协议中增加一些保障条款，如违约金条款、争议解决条款等，以进一步降低风险。
四、特殊情况处理
如果其他方不同意变更：
- 如果协议的其他方不同意变更协议主体，那么就需要考虑是否继续履行原协议或解除协议。如果继续履行原协议，可能会面临一些实际困难，如个体工商户已经注销无法履行等。如果解除协议，则需要按照协议约定或法律规定承担相应的违约责任。因此，在这种情况下，建议再次与对方进行协商，寻求妥善解决方案。
如果协议涉及特定资质或许可：
- 如果原协议涉及特定资质或许可，如建筑资质、环保许可等，那么在个体工商户转型为公司后，还需要确保新公司具备相应的资质或许可。否则，可能会影响协议的履行和有效性。因此，在这种情况下，建议提前了解相关资质或许可的变更要求，并办理相关手续。
总结与建议：个体变成公司后，若已签订的三方协议需要处理，应首先审查协议内容，看是否有关于主体变更的条款。如果没有，则应与协议的其他方进行协商，就协议主体的变更达成一致意见，并签订补充协议。同时，要注意防范法律后果和风险，确保新公司的合法性和有效性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。