违反公序良俗的协议不能作为证明亲子关系的有效协议。以下从几个方面进行详细分析：

1. 公序良俗原则的法律地位：

   • 公序良俗，即公共秩序和善良风俗，是法律中的一项基本原则。它要求民事法律行为不得违反国家的公共秩序和社会的一般道德准则。在婚姻家庭领域，这一原则尤为重要，因为它直接关系到家庭关系的稳定和社会的和谐。

2. 亲子关系证明的法律要求：

   • 亲子关系是家庭关系的基础，其证明需要遵循严格的法律程序和证据规则。通常，亲子关系的证明需要通过科学的方法（如DNA鉴定）或法律认可的其他方式（如出生证明、户口簿等）来进行。这些方式都是基于客观事实和法律规定，具有高度的准确性和权威性。

3. 违反公序良俗协议的无效性：

   • 如果一份协议违反了公序良俗原则，那么这份协议在法律上是无效的。无效的协议自始不具有法律效力，不能作为证明任何法律关系的依据，包括亲子关系。例如，如果一份协议试图通过不正当手段（如贿赂、欺诈等）来证明亲子关系，那么这份协议显然违反了公序良俗原则，因此是无效的。

4. 实际案例与法律后果：

   • 在实际案例中，如果有人试图使用违反公序良俗的协议来证明亲子关系，法院通常会不予采纳，并可能对相关当事人进行法律制裁。因为这种行为不仅违反了法律规定，也损害了社会的公共利益和道德准则。

5. 建议与注意事项：

   • 如果你需要证明亲子关系，应该遵循法律规定的程序和证据规则，使用合法、有效的方式来证明。不要试图通过违反公序良俗的协议来达到目的，因为这样做不仅无法达到预期效果，还可能面临法律风险和道德谴责。

综上所述，违反公序良俗的协议不能作为证明亲子关系的有效协议。如果你在处理婚姻家庭领域的问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。