结论：与母公司建立的劳动关系，仲裁子公司是否无效，需根据具体情况判断，若子公司并非实际用人单位，则仲裁子公司通常无效；若子公司被认定为实际用人单位或存在关联用工情形，则仲裁子公司可能有效。以下从不同角度详细分析：
一、劳动关系主体与仲裁对象的关系
劳动关系主体明确性：
- 劳动关系是劳动者与用人单位之间建立的，具有相对性。若您与母公司签订了劳动合同，且实际工作也由母公司安排、管理，并支付工资，那么您的用人单位是母公司，而非子公司。
- 在此情况下，若您因劳动争议申请仲裁，仲裁对象应为母公司，而非子公司。因为子公司并非您劳动关系的相对方，仲裁子公司通常会被视为无效。
子公司作为独立法人：
- 子公司虽然与母公司存在关联关系，但它是独立的法人实体，具有独立的民事权利能力和行为能力。
- 若子公司并未与您建立劳动关系，也未参与您的劳动管理、工资支付等，那么将子公司作为仲裁对象缺乏法律依据。
二、关联用工情形下的仲裁有效性
关联用工的认定：
- 在实践中，存在母公司与子公司之间关联用工的情形，即劳动者虽与母公司签订劳动合同，但实际在子公司工作，或由子公司安排工作、支付工资等。
- 若存在此类关联用工情形，且能够证明子公司实际参与了您的劳动管理、工资支付等，那么子公司可能被视为实际用人单位的一部分。
仲裁有效性的判断：
- 在关联用工情形下，若您选择仲裁子公司，且能够提供充分证据证明子公司实际参与了您的劳动关系，那么仲裁子公司可能是有效的。
- 但这需要根据具体证据和仲裁机构的判断来确定，因为关联用工的认定和仲裁对象的确定可能涉及复杂的法律事实和法律关系。
三、法律建议与风险提示
明确用人单位：
- 在申请仲裁前，建议您先明确自己的用人单位是母公司还是子公司，或两者是否存在关联用工情形。
- 您可以通过查看劳动合同、工资支付记录、工作安排等证据来确定用人单位。
收集证据：
- 若您认为子公司与您的劳动关系有关联，建议您收集相关证据，如工作安排记录、工资支付凭证、与子公司管理人员的沟通记录等。
- 这些证据将有助于您在仲裁中证明子公司实际参与了您的劳动关系。
咨询专业律师：
- 劳动争议案件往往涉及复杂的法律事实和法律关系，建议您在申请仲裁前咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。
- 作为专注于建设工程、工伤赔偿领域的律师，我也可以为您提供相关领域的法律咨询和帮助。
注意仲裁时效：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。
- 请您注意在时效期间内申请仲裁，以免丧失维权机会。