结论前置：根据您描述的情况，即使工资是通过个人微信转账发放，只要存在事实上的用工关系，且双方符合劳动关系的构成要件，仍然可以认定为劳动关系。以下从不同角度为您详细分析：
一、劳动关系的认定标准
根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号）第一条，劳动关系的认定需同时满足以下三个要件：
- 主体资格：用人单位和劳动者需符合法律、法规规定的主体资格（如用人单位需依法登记，劳动者需年满16周岁且未退休）。
- 管理关系：用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动。
- 业务相关性：劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。
关键点：劳动合同的签订和工资发放形式（如微信转账）并非认定劳动关系的唯一依据，事实用工关系才是核心。例如：
- 若司机接受公司管理（如考勤、工作安排），且其工作内容属于公司业务范围（如货物运输），即使工资通过个人微信转账，仍可能被认定为劳动关系。
- 若司机仅偶尔为公司提供服务，不受公司管理，则可能被认定为劳务关系或承揽关系。
二、微信转账发放工资的影响
形式不影响实质：工资通过微信转账发放，仅是支付方式的变更，不影响劳动关系的认定。但需注意：
- 微信转账记录需能证明工资性质（如备注“工资”或“劳务费”）。
- 若转账方为个人（如公司法定代表人或财务人员），需结合其他证据（如工作安排、考勤记录）证明用工关系。
潜在风险：若公司未通过公户发放工资，可能面临以下问题：
- 税务风险：个人转账可能被认定为未依法代扣代缴个税。
- 社保风险：未签订书面劳动合同或未缴纳社保，劳动者可主张双倍工资差额或经济补偿。
- 举证风险：若发生纠纷，公司需提供更多证据（如工作群聊天记录、考勤表）证明劳动关系。
三、实务建议
对用人单位：
- 规范用工管理：签订书面劳动合同，明确工作内容、工资标准、工作时间等条款。
- 公户发放工资：通过公司对公账户发放工资，并依法代扣代缴个税。
- 保留证据：保存工作安排、考勤记录、微信转账记录等证据，以备纠纷时使用。
对劳动者：
- 收集证据：若未签订劳动合同，可收集工作证、考勤记录、微信聊天记录、工资转账记录等证据，证明存在事实劳动关系。
- 主张权益：若公司未依法缴纳社保或支付工资，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张双倍工资差额、经济补偿等权益。
四、典型案例参考
- 案例1：某公司未与司机签订劳动合同，但通过微信安排工作、发放工资。法院认为，司机接受公司管理，从事公司业务范围内的运输工作，双方构成劳动关系。
- 案例2：某个人雇佣司机为其提供临时运输服务，按次结算费用，且司机不受个人管理。法院认为，双方构成劳务关系，不适用劳动法。
总结：劳动关系的认定需结合事实用工关系综合判断，微信转账发放工资不影响劳动关系成立。若您或您所在公司涉及此类问题，可进一步向我咨询具体细节，我会结合实际情况为您提供专业建议。