结论：单位在处理员工长期提前上班但仅有极少数次迟到的情况时，需综合考量多方面因素，一般可从以下角度处理：
- 从规章制度执行角度
- 依据规章制度处理：单位通常都有自身的考勤管理制度，这是处理考勤问题的基本依据。如果单位的规章制度明确规定了迟到、早退等行为的处理方式，比如迟到一次扣除一定比例的绩效工资、达到一定次数给予警告处分等，那么单位应当按照既定的规章制度来执行。在这种情况下，即使员工长期提前上班，但只要有一次迟到，就应按照制度规定接受相应处理。不过，由于该员工仅有一二次迟到，且长期提前上班，单位在执行制度时也可以适当考虑这一情节，在处理力度上可相对从轻。例如，如果制度规定迟到一次扣 50 元绩效工资，鉴于员工平时表现良好，单位可以考虑扣 30 元或者给予口头警告而非直接扣款。
- 规章制度的合理性审查：单位在依据规章制度处理员工时，也要确保规章制度本身的合理性。如果单位的考勤制度过于严苛，例如规定只要迟到一次就给予严重警告甚至解除劳动合同，这种规定可能因显失公平而不被法律所认可。根据《劳动合同法》的规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。并且，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。如果单位的考勤制度没有经过上述法定程序制定或者未向员工公示告知，那么该制度可能对员工不产生约束力，单位不能依据这样的制度对员工进行处罚。
- 从员工实际表现和单位管理角度
- 肯定员工积极表现：员工长期提前 1 小时上班，这体现了员工对工作的高度积极性和责任心，是一种值得肯定和鼓励的行为。单位在处理迟到问题时，应当充分考虑到员工的这一积极表现，避免因一次或两次的迟到而打击员工的工作积极性。单位可以对员工长期提前上班的行为给予公开表扬或者一定的物质奖励，如颁发荣誉证书、给予小额奖金等，以激励员工继续保持良好的工作态度。
- 沟通了解迟到原因：单位在处理迟到问题前，应与员工进行充分的沟通，了解员工迟到的原因。如果员工迟到是因为不可抗力因素，如突发疾病、遭遇交通事故等，单位应当给予理解和宽容，不宜进行处罚。如果员工迟到是因为自身原因，如睡过头、家庭琐事等，单位可以提醒员工注意合理安排时间，避免再次出现类似情况。通过沟通，单位可以更好地了解员工的需求和困难，为员工提供必要的帮助和支持，同时也能增强员工对单位的归属感和忠诚度。
- 灵活管理考勤：对于像该员工这样长期表现良好但偶尔迟到的员工，单位可以考虑采取更加灵活的考勤管理方式。例如，实行弹性工作制度，允许员工在一定范围内自由安排工作时间，只要保证每天的工作时长和工作任务完成即可。或者设置一定的迟到宽容期，如每月允许员工有 1 - 2 次不超过一定时间的迟到而不进行处罚。这样可以更好地适应员工的个性化需求，提高员工的工作满意度和效率。
- 从法律风险防范角度
- 避免违法解除劳动合同：如果单位因员工的一二次迟到而决定解除劳动合同，需要谨慎操作。根据《劳动合同法》的规定，用人单位解除劳动合同必须有合法的理由和依据，并且要遵循法定的程序。如果单位仅以员工的一二次迟到为由解除劳动合同，可能构成违法解除，需要承担相应的法律责任。根据《劳动合同法》第八十七条规定，用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。因此，单位在处理迟到问题时，要确保处理方式合法合规，避免给自己带来不必要的法律风险。
- 保留相关证据：单位在处理考勤问题时，要注意保留相关的证据，如考勤记录、员工迟到的情况说明、与员工的沟通记录等。这些证据可以在发生劳动争议时作为证明单位处理行为合法性的依据。例如，如果员工对单位的处理决定不服，向劳动仲裁机构申请仲裁，单位可以提供考勤记录等证据证明员工确实存在迟到行为，以及单位的处理决定是依据规章制度作出的，从而维护自己的合法权益。