结论：不通过招投标做工程时，管理费的承担并非可以完全自由约定，而是需要受到法律法规的约束和规范。
分析说明：
法律法规的约束：
- 在建设工程领域，即使不通过招投标程序，工程的管理费承担也并非完全由当事人自由约定。这是因为建设工程合同受到《中华人民共和国民法典》（特别是合同编）以及相关建设工程法律法规的规范。
- 这些法律法规对建设工程的各个方面，包括合同订立、履行、变更、终止等，都有明确的规定，旨在保护合同双方的合法权益，维护建筑市场的秩序。
管理费约定的合法性：
- 管理费作为建设工程合同中的一项重要内容，其约定必须合法、合规。如果管理费的约定违反了法律法规的强制性规定，或者损害了国家、集体或第三人的利益，那么这样的约定将是无效的。
- 例如，如果管理费约定过高，导致工程成本不合理增加，或者通过管理费进行非法利益输送，这样的约定就可能被认定为违法。
实际案例与司法实践：
- 在司法实践中，法院在审理建设工程合同纠纷时，会综合考虑合同的具体内容、当事人的真实意思表示、法律法规的强制性规定以及公平、诚实信用等原则，来判断管理费约定的合法性和有效性。
- 如果管理费约定存在争议，法院可能会根据实际情况进行调整或认定无效，以维护合同的公平性和合法性。
法律建议：
- 明确约定管理费：在订立建设工程合同时，双方应明确约定管理费的承担方式、金额和支付方式等，确保约定合法、合规且明确无误。
- 遵守法律法规：在约定管理费时，必须遵守相关法律法规的强制性规定，不得损害国家、集体或第三人的利益。
- 寻求专业意见：如果对管理费的约定存在疑问或争议，建议咨询专业律师或相关机构，以确保约定的合法性和有效性。
后续行动与风险防范：
- 合同审查：在签订建设工程合同前，务必对合同条款进行仔细审查，特别是关于管理费的约定，确保符合法律法规的要求。
- 风险预警：如果发现管理费约定可能存在违法或不合理的情况，应及时与对方沟通协商，进行修改或调整，以避免潜在的法律风险。
- 争议解决：如果因管理费约定产生争议，应首先尝试通过协商、调解等方式解决；如果无法解决，可以依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁。
如有任何关于建设工程合同或管理费约定的法律问题，可以直接向我咨询。