针对公司法人职务侵占股东财产的情况，这是一个涉及公司治理和法律责任的严重问题，必须采取果断且合法的措施来应对。以下是一套详细且条理清晰的处理方案，旨在帮助公司有效维护自身权益：

一、明确问题性质与后果

首先，要明确公司法人利用职务便利侵占股东财产的行为是违法的，这不仅损害了股东的利益，也破坏了公司的正常运营秩序。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，此类行为可能构成职务侵占罪，将面临刑事处罚。

二、收集确凿证据

证据是后续法律行动的基础，必须确保证据的合法性、有效性和充分性。具体应收集以下证据：

• 财务账目与交易记录：包括公司的银行流水、会计凭证、财务报表等，以证明资金的非法流转。
• 合同文件与协议：特别是与被侵占财产相关的合同、协议，以证明财产的归属和用途。
• 电子邮件与聊天记录：如果可能，获取公司法人与相关人员的电子邮件、聊天记录等，以证明其侵占行为的意图和过程。
• 证人证言：询问知情人员，获取他们的证言，以支持公司的主张。

三、内部处理与沟通

在收集到确凿证据后，可以尝试与公司法人进行内部沟通，指出其侵占行为的不当性，并要求其归还财物。同时，明确告知法律后果，敦促其主动纠正。如果沟通无果，可以依据公司章程召开监事会、董事会或股东会，讨论并采取相应决议，如要求法人停止侵占、归还财物、纪律处分或罢免职务等。

四、行政举报与刑事报案

• 行政举报：向工商行政管理部门、税务部门等举报公司法人的侵占行为，提供详细证据和情况说明，以便相关部门进行调查和处理。
• 刑事报案：如果公司法人侵占行为数额较大，可能构成职务侵占罪。此时应向公安机关经侦部门报案，提供充分证据，配合司法机关工作，等待调查结果。

五、民事诉讼途径

如果行政举报和刑事报案未能完全解决问题，公司还可以向法院提起民事诉讼，要求公司法人返还侵占的财物并赔偿损失。在诉讼中，公司需要承担举证责任，提供充分证据证明自己的主张。如果公司胜诉而公司法人不履行判决义务，可以向法院申请强制执行，通过法律手段追回被侵占的财物和获得赔偿。

六、加强预防机制

为了避免类似事件再次发生，公司应加强内部控制和预防机制：

• 建立完善的财务管理制度：确保公司财产的安全和合规使用。
• 加强内部审计和监察：定期对公司财务和业务进行审计和监察，及时发现和纠正问题。
• 提高法律意识：加强员工的法律教育和培训，提高法律意识和道德水平，预防类似事件再次发生。

七、专业法律支持

在整个过程中，强烈建议咨询专业的律师以获取更具体的法律建议和指导。律师能够帮助评估证据的充分性、分析案件的可行性，并提供专业的法律支持，确保公司的合法权益得到有效维护。

综上所述，面对公司法人职务侵占股东财产的问题，公司应迅速采取行动，通过多渠道依法追究其责任，并追回被侵占的财产。同时，加强公司内部防控机制，确保公司的长期稳健发展。