结论：双方针对买卖合同的货款余额和借款合同的借款余额一起对账，可以在一个案件中一并处理，但需满足一定条件。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律基础与原则
诉的合并审理原则：
- 在民事诉讼中，为了提高诉讼效率，减少当事人的诉累，法院允许将多个相互关联的诉讼请求或诉讼标的合并审理。这通常适用于基于同一事实或法律关系产生的多个请求，或者虽然基于不同事实或法律关系，但合并审理有助于查明事实、分清责任的情况。
合同纠纷与债务债权纠纷的关联性：
- 买卖合同和借款合同虽然属于不同的合同类型，但如果双方在对账过程中发现货款余额和借款余额存在相互关联或影响（例如，借款可能用于支付货款，或者货款支付与借款偿还存在某种约定关系），那么这两个纠纷就可能具有足够的关联性，从而允许在一个案件中一并处理。
二、实际操作中的考虑因素
诉讼请求的明确性：
- 原告在提起诉讼时，需要明确其诉讼请求，包括要求被告支付的具体金额、依据的合同或法律关系等。如果原告能够清晰地区分并说明货款余额和借款余额的来源及计算方式，那么法院在审理时就更有可能接受将这两个纠纷合并处理。
证据的充分性与关联性：
- 原告需要提供充分的证据来支持其诉讼请求，包括合同文本、对账单、转账记录等。这些证据需要能够清晰地证明货款余额和借款余额的存在及金额，并且需要能够展示这两个余额之间的关联性（如果存在的话）。
法院的裁量权：
- 最终是否将两个纠纷合并审理，还取决于法院的裁量权。法院会根据案件的具体情况、当事人的诉求、证据的充分性等因素进行综合判断，并作出是否合并审理的决定。
三、建议与注意事项
在提起诉讼前进行充分准备：
- 原告在提起诉讼前，应仔细梳理货款余额和借款余额的来源及计算方式，准备充分的证据来支持其诉讼请求。同时，也可以考虑咨询专业律师的意见，以确保诉讼请求的明确性和证据的充分性。
在诉讼过程中积极配合法院审理：
- 如果法院决定将两个纠纷合并审理，原告应积极配合法院的审理工作，按照法院的要求提供证据、参加庭审等。同时，也可以与被告进行协商，尝试通过调解等方式解决纠纷，以节省时间和成本。
关注法院的判决结果并执行：
- 无论法院是否将两个纠纷合并审理，原告都应关注法院的判决结果，并按照判决结果的要求履行义务或申请执行。如果被告不履行判决义务，原告可以向法院申请强制执行，以维护自己的合法权益。
总结来说，虽然买卖合同和借款合同属于不同的合同类型，但如果双方在对账过程中发现货款余额和借款余额存在相互关联或影响，并且原告能够提供充分的证据来支持其诉讼请求，那么法院是有可能将这两个纠纷合并审理的。因此，在实际操作中，原告可以根据具体情况进行判断和准备，并积极配合法院的审理工作。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。