结论：当事人对不同法律关系下的欠款对账后，能否一并起诉主张，需视具体情况而定，一般而言，若符合一定条件，可以一并起诉；若不符合，则需分别起诉。以下从不同角度进行分析：
一、可以一并起诉的情况
法律关系性质相同或相似：
- 若不同欠款虽基于不同法律关系（如部分为民间借贷，部分为买卖合同欠款），但法律关系性质相近，且对账后双方对欠款总额无争议，仅对还款方式、期限等存在分歧，法院在审理时可能会视为同一法律关系或关联法律关系进行合并审理。
- 法律依据：根据《民事诉讼法》的相关规定，对于当事人之间基于同一事实或相关联的事实产生的多个诉讼请求，法院可以合并审理，以提高诉讼效率，减少当事人诉累。
当事人同意合并审理：
- 若当事人双方均同意将不同法律关系下的欠款合并审理，并签署相关协议或达成一致意见，法院在审查后认为合并审理不会损害第三方利益或违反法律规定的，可以合并审理。
- 实践操作：在实际操作中，当事人可以通过在起诉状中明确提出合并审理的请求，并附上相关证据材料，如对账单、协议等，以支持其主张。
法院认为合并审理更有利于查明事实和公正裁判：
- 在某些复杂案件中，不同法律关系下的欠款可能相互交织，难以分割。若法院认为合并审理更有利于查明案件事实、分清责任，并作出公正裁判的，可以决定合并审理。
- 案例参考：类似案例中，法院可能基于案件实际情况，如欠款时间、金额、原因等存在紧密关联，决定将不同法律关系下的欠款合并审理。
二、需分别起诉的情况
法律关系性质差异较大：
- 若不同欠款基于完全不同的法律关系（如部分为民间借贷，部分为侵权责任赔偿），且法律关系性质差异较大，法院通常会要求当事人分别起诉，以便更准确地适用法律、查明事实。
- 法律依据：根据《民事诉讼法》的规定，不同法律关系的案件，若不存在关联关系或合并审理的必要性和合理性，法院应分别审理。
当事人不同意合并审理：
- 若当事人一方或双方不同意将不同法律关系下的欠款合并审理，且法院认为合并审理可能损害当事人合法权益或违反法律规定的，应分别审理。
- 实践操作：当事人可以在答辩状或庭审中明确表达不同意合并审理的意见，并说明理由。
法院认为合并审理可能损害第三方利益或违反法律规定：
- 在某些情况下，合并审理可能涉及第三方利益或违反法律规定（如涉及不同管辖法院、不同诉讼程序等），法院应分别审理。
- 风险提示：当事人应充分了解合并审理可能带来的法律风险和后果，如诉讼成本增加、审理周期延长等，并谨慎选择是否合并审理。
建议：当事人在对账后，若考虑将不同法律关系下的欠款一并起诉主张，应首先评估法律关系性质、当事人意愿以及法院审理的可能性等因素。若符合合并审理的条件，可以在起诉状中明确提出合并审理的请求，并附上相关证据材料；若不符合合并审理的条件或存在风险，则应分别起诉，以确保诉讼的顺利进行和合法权益的有效维护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。