结论：跟总公司签订的合同，款项能否付给分公司，主要取决于合同的具体约定、总公司的授权情况以及是否遵循了相关法律法规。在合法合规、双方协商一致并在合同中明确注明的情况下，款项是可以支付给分公司的。

一、法律层面的考量

1. 分公司的法律地位：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第七十四条，分公司作为总公司的分支机构，虽不具有独立法人资格，但可以在一定范围内从事民事活动，其民事责任由总公司承担。这为总公司与分公司之间的资金调拨提供了法律基础。

2. 合同约定的收款方：

   • 合同中明确约定的收款方是决定款项支付的关键。若合同明确规定付款对象为总公司，则不得擅自将款项支付给分公司，否则可能构成违约。若合同允许或指定分公司为收款方，则付款给分公司是符合合同约定的。

二、实际操作中的注意事项

1. 总公司的授权：

   • 如果总公司希望将款项支付给分公司，应通过书面授权等明确方式，允许分公司代收合同款项。这样，付款方可以按照授权将款项支付给分公司，避免违约风险。

2. 收款惯例：

   • 在以往的交易中，如果形成了将合同款项支付给分公司的惯例，并且双方对此均无异议，也没有违反合同约定或法律法规的强制性规定，那么这种惯例也可以作为支付依据。但为了确保合法性和合规性，建议还是在合同中明确约定。

3. 财务和税务合规：

   • 在支付款项时，应确保款项的合法性和合规性，遵守相关税收法规、财务管理制度以及反洗钱等法律法规的规定。同时，分公司应建立完善的财务管理制度，确保接收到的款项用于合法合规的用途，并定期向总公司报告财务状况和运营情况。

三、风险分析与应对措施

1. 合规性风险：

   • 未经总公司授权或合同未明确约定而擅自将款项支付给分公司，可能构成违约或违反法律法规的强制性规定，引发合规性风险。
   • 应对措施：在支付款项前，务必确认合同中的约定和总公司的授权情况，确保支付行为的合法性和合规性。

2. 资金安全风险：

   • 在转账支付过程中，如果账户信息核对不仔细，可能发生资金挪用、诈骗等风险事件。
   • 应对措施：在转账前仔细核对账户信息，确保资金安全。同时，建立严格的审批流程，对分公司提交的合同及付款申请进行审查。

四、建议与总结

1. 合同约定明确：

   • 在签订合同时，应明确约定付款对象、方式、时间等关键条款，为纠纷解决提供法律依据。如果希望将款项支付给分公司，应在合同中明确注明。

2. 遵守法律法规：

   • 在支付款项时，应遵守相关法律法规的强制性规定，确保支付行为的合法性和合规性。如有疑问，可咨询专业法律人士或税务顾问。

3. 建立完善的财务管理制度：

   • 总公司和分公司应建立完善的财务管理制度，确保资金流转的清晰和透明。同时，加强内部监管和责任承担，确保分公司有能力履行合同义务。

总结：跟总公司签订的合同款项能否付给分公司，需综合考虑合同约定、总公司授权情况以及法律法规的要求。在确保合法合规、双方协商一致并建立了完善的财务管理制度的前提下，可以将款项支付给分公司。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。