若甲方在合理期限内未对保证金退还申请进行复函，你可以通过以下方式处理，并附上相关函件模板供参考：

1. 再次书面催告并设定合理期限
   首先建议通过EMS（留存寄送凭证）或电子邮件（保留发送记录）向甲方发送《关于再次催告退还保证金的函》，明确要求其在5-7个工作日内书面回复是否同意退还保证金，并说明逾期未回复将视为同意退还。
   法律依据：根据《民法典》第140条，沉默只有在有法律规定、当事人约定或符合交易习惯时，才可视为意思表示。但通过催告函设定合理期限，可强化甲方的回复义务，为后续维权提供依据。

2. 若甲方仍不回复，直接主张退还并准备诉讼材料
   若催告后甲方仍未回复，可视为其以不作为方式拒绝履行退还义务。此时可向甲方发送《保证金退还通知书》，明确要求其在3个工作日内退还保证金至指定账户，并告知逾期将通过法律途径解决。
   操作建议：

   • 附上保证金支付凭证、合同中关于保证金退还的条款（如有）、此前申请退还的函件及寄送凭证；
     
   • 若合同未约定退还期限，可引用《民法典》第511条第4项，主张甲方应在收到申请后合理期限内（通常不超过30日）退还。
     

3. 函件模板（供参考）
   《关于再次催告退还保证金的函》
   致[甲方名称]：
   我方于[日期]通过[EMS/邮件]向贵方提交《保证金退还申请》，但截至本函发出之日，未收到贵方任何书面回复。现再次催告如下：

   1. 请贵方于收到本函后5个工作日内书面回复是否同意退还保证金[金额]元；
      
   2. 若逾期未回复，我方将视为贵方同意退还，并保留通过诉讼等途径追索的权利。
      附件：1. 保证金支付凭证；2. 此前退还申请函及寄送凭证。
      [你的名称/公司名]
      [日期]
      

《保证金退还通知书》
致[甲方名称]：
鉴于贵方未对我方此前退还申请进行回复，现正式通知如下：

1. 请贵方于收到本通知后3个工作日内将保证金[金额]元退还至我方账户[账户信息]；
   

2. 若逾期未退还，我方将依法向法院起诉，要求贵方退还保证金并承担逾期利息、诉讼费用等。
   附件：同上。
   [你的名称/公司名]
   [日期]

3. 后续行动建议

   • 若甲方仍不配合，可整理所有函件、合同、支付凭证等证据，向法院提起民事诉讼；
     
   • 若涉及金额较大或合同条款复杂，建议同步准备财产保全申请，防止甲方转移资产。
     

如有具体合同条款或沟通细节需要分析，可直接向我提供材料，我会进一步协助起草函件或规划维权方案。