结论：停业整顿期间工资是否结清，需根据停业整顿的原因、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、因用人单位原因导致的停业整顿
劳动合同有约定：
- 如果劳动合同中明确约定了停业整顿期间工资的支付方式和标准，那么用人单位应当按照合同约定来支付工资。
劳动合同无约定或约定不明确：
- 根据《工资支付暂行规定》第十二条，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。
- 若停工、停产超过一个工资支付周期，且劳动者提供了正常劳动，则支付的工资不得低于当地的最低工资标准。
- 若劳动者没有提供正常劳动，用人单位应按有关规定发放生活费，生活费标准一般按照不低于当地最低工资标准的70%或80%来执行，具体比例由各地自行规定。
二、因劳动者原因导致的停业整顿
- 如果停业整顿是由于劳动者个人的原因（如严重违反规章制度、造成重大损失等）导致的，那么用人单位可能根据劳动合同的约定或规章制度的规定，对劳动者进行相应的处罚，包括扣减工资或解除劳动合同等。但这种情况下的工资处理需严格遵守法律法规的规定，不能随意扣减或拖欠。
三、特殊情况下的工资支付
- 在某些特殊情况下，如自然灾害、战争等不可抗力因素导致的停业整顿，用人单位和劳动者可以协商工资支付问题。如果协商不成，可以参照上述因用人单位原因导致的停业整顿的工资支付原则来处理。
法律建议
- 对于用人单位：在停业整顿前，应仔细审查劳动合同和规章制度中关于工资支付的规定，确保合法合规。同时，与劳动者进行充分沟通，明确停业整顿期间的工资支付方式和标准，避免产生纠纷。
- 对于劳动者：在停业整顿期间，应保留好相关证据（如劳动合同、工资条、停业整顿通知等），以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。如果用人单位未按照约定或法律规定支付工资，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
总结：停业整顿期间工资是否结清，需根据具体情况来判断。如果你或你所在的企业面临此类问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。