员工离职时自己设定的程序，在符合法律规定和公司规章制度的前提下，一般是可以删除或修改的，但具体能否删除需视情况而定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、从员工自主权角度

员工在离职时，对于自己设定的与工作相关的程序（如个人工作账号的密码、个人工作电脑的登录程序等），通常拥有一定的自主权。如果这些程序仅涉及员工个人使用，且不违反公司规章制度或法律法规，员工在离职时有权选择删除或保留。然而，如果这些程序涉及公司业务数据、客户信息等敏感内容，员工则无权擅自删除，否则可能构成违法行为。

二、从公司规章制度角度

许多公司都会制定明确的规章制度，对员工离职时的行为进行规范。这些规章制度可能包括员工离职时需要提交的工作交接清单、需要归还的公司财物清单等。如果公司规章制度中明确规定了员工离职时需要删除或保留某些程序，员工应当遵守这些规定。否则，员工可能因违反公司规章制度而面临相应的法律责任。

三、从法律法规角度

1. 数据保护法规：如果员工设定的程序涉及公司数据或客户信息，员工在离职时删除这些程序可能违反数据保护法规。根据《中华人民共和国数据安全法》等相关法律法规，任何单位和个人都有义务保护数据安全，不得非法删除、篡改数据。因此，员工在离职时，如果涉及数据删除，应当确保符合法律法规的要求。
2. 劳动合同约定：如果员工与公司在劳动合同中明确约定了离职时需要删除或保留某些程序，员工应当遵守这些约定。违反劳动合同约定可能构成违约行为，员工需要承担相应的违约责任。

四、实际操作建议

1. 提前沟通：员工在离职前，应当与公司相关部门或负责人进行沟通，明确离职时需要删除或保留的程序。这有助于避免不必要的纠纷和误解。
2. 遵守规定：员工在离职时，应当严格遵守公司规章制度和法律法规的要求，不得擅自删除或修改涉及公司业务数据、客户信息等敏感内容的程序。
3. 保留证据：如果员工认为自己在离职时删除或保留某些程序是合理的，建议保留相关证据（如聊天记录、邮件等），以备不时之需。

如果您在离职过程中遇到任何关于程序删除或修改的问题，或者有任何其他劳动纠纷方面的疑问，都可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和帮助。