肇事逃逸即便双方已经协商好赔偿事宜，也不能直接撤案，是否追究刑事责任由司法机关决定，但双方的和解可以作为后续处理中的一个重要参考因素。以下从多个角度为你详细分析：
一、法律程序层面
配合调查与责任认定：
- 肇事逃逸者无论是否与受害者达成和解，都有义务配合交警部门的调查工作，如实陈述事故经过。这是法律规定的义务，也是确保事故责任准确认定的基础。
- 交警部门会根据现场勘查、当事人陈述、证人证言等证据，对事故责任进行认定，并制作交通事故责任认定书。这份认定书是后续处理的重要依据。
接受处罚：
- 依据《中华人民共和国道路交通安全法》等相关法律法规，交警部门会对肇事逃逸行为作出处罚，包括罚款（一般200元以上2000元以下）、吊销驾驶证（情节严重的，2年内不得重新考取），以及行政拘留（一般不超过15日）等。这些处罚是法律对肇事逃逸行为的直接制裁，不受和解影响。
- 如果肇事逃逸构成犯罪，如交通肇事罪，将依法追究刑事责任。刑事责任的追究是独立的法律程序，与民事赔偿和解无关。
刑事诉讼流程：
- 侦查阶段：公安机关立案后会进行侦查，收集证据，确定罪行。即使双方达成和解，司法机关仍会继续推进案件侦查，以确保案件事实的准确性和完整性。
- 审查起诉阶段：公安机关侦查终结后，移送检察院审查起诉。检察院会全面审查案件，虽然和解可以作为从轻处罚的情节，但检察院有权决定是否提起公诉。这意味着，即使双方和解，检察院仍可能根据案件情况决定提起公诉。
- 审判阶段：若检察院提起公诉，法院将审理并判决。和解协议及被害人谅解可作为从轻处罚的量刑情节。但法院的判决是基于法律和事实，不受和解协议的直接左右。
二、民事赔偿层面
达成书面和解协议：
- 双方应就赔偿问题明确约定，形成书面和解协议，详细列明赔偿项目、金额、支付方式及时间等。这是确保双方权益的重要基础，也是后续可能撤案（在民事赔偿部分）的前提之一。但需注意，撤案在刑事责任层面并不直接受和解协议影响。
履行赔偿义务：
- 肇事方应按照协议约定及时履行赔偿义务，避免产生新的纠纷。这是和解协议得以有效执行的关键，也是体现肇事方诚意和责任感的重要方面。
三、撤案流程与注意事项（针对民事赔偿部分可能涉及的撤案，但刑事责任无法直接撤案）
准备相关材料并前往交管部门：
- 在双方达成书面和解协议后，若涉及民事赔偿部分的撤案（如交通事故损害赔偿纠纷），肇事方需准备好和解协议、身份证等材料，前往公安机关交通管理部门。但需明确，这并不意味着刑事责任可以撤案。
交管部门审核：
- 交通管理部门会对和解协议等进行认真审核，核实其真实性和合法性。这是确保和解协议有效性和合法性的重要环节。
作出撤案决定并送达决定书（仅针对民事赔偿部分）：
- 若审核通过，且符合相关法律规定，交通管理部门可能会作出撤销民事赔偿部分案件的决定，并送达给双方当事人。但刑事责任部分仍需按照法律程序处理。
撤案后违法记录的处理：
- 撤案后，肇事方的违法记录会根据具体情况进行处理。一般来说，不会再追究其肇事逃逸的民事赔偿责任（若已和解并撤案），但相关档案中仍会记录该事件及其处理情况。刑事责任部分则可能留下犯罪记录，影响个人信用和未来行为。
特别注意事项：
- 撤案并不意味着违法记录被消除，可能会对肇事方的个人信用记录、再次驾车等方面产生影响。特别是刑事责任部分，一旦构成犯罪，将留下终身的犯罪记录。
- 若后续发现新证据或情况，相关部门仍可重新启动调查和处理。这意味着，即使双方和解并撤案，若后续有新情况出现，仍可能面临法律责任。
总结与建议：
肇事逃逸是严重的交通违法行为，不仅可能面临民事赔偿，还可能构成犯罪并承担刑事责任。即使双方已经协商好赔偿事宜，也不能直接撤案。建议肇事方积极配合调查，如实陈述事故经过，并按照协议约定履行赔偿义务。同时，应认识到自己行为的后果，并严格按照法定程序处理后续事宜。若对法律程序或赔偿问题有疑问，可直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。