结论前置：肇事逃逸协商后，在民事赔偿方面可以撤案，但涉及行政处罚和刑事犯罪时，通常不能因协商而撤案。以下是对这一问题的详细分析：
一、民事赔偿部分
在肇事逃逸引发的民事赔偿纠纷中，若双方协商一致达成和解协议，原告可以向法院申请撤诉。这是因为民事纠纷遵循意思自治原则，当事人有权处分自己的民事权利和诉讼权利。例如，交通事故中的受害者因肇事逃逸者的行为遭受损失，提起民事诉讼后，双方私下达成赔偿方案，受害者即可向法院申请撤回起诉，法院一般会准许。
二、行政处罚方面
肇事逃逸属于违反《道路交通安全法》的违法行为，公安机关交通管理部门立案后，不因双方当事人的协商而撤案。交通管理部门对交通违法行为进行处罚是法定职责，旨在维护公共交通安全和秩序。根据《道路交通安全法》，造成交通事故后逃逸，尚不构成犯罪的，将处以二百元以上二千元以下罚款，并可并处十五日以下拘留。即使双方就赔偿问题达成一致，交管部门仍会依法对肇事逃逸者进行行政处罚，如吊销驾照等。
三、刑事部分
若肇事逃逸构成犯罪，如造成一人以上重伤，负事故全部或主要责任且逃逸，则构成交通肇事罪。此时，同样不能因双方协商而撤案。刑事犯罪不仅侵犯了被害人的个人权益，还破坏了社会秩序和公共利益。是否追究刑事责任由司法机关代表国家依法决定。不过，犯罪嫌疑人积极赔偿受害者损失并取得谅解，在量刑时法院可酌情从轻处罚。
四、特殊情形与注意事项
自首情节：如果肇事逃逸者主动投案自首、如实供述罪行，并积极赔偿受害人损失取得谅解，公安机关可能会考虑从轻或减轻处罚。但这并不等同于撤案，而是依据具体案件情况和法律规定综合判断。
撤案的严格条件：根据《刑事诉讼法》的规定，撤案需要满足特定条件，如情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的等。交通肇事逃逸不属于这些情形，因此一般不能撤案。
违法记录的影响：撤案并不意味着违法记录被消除。肇事逃逸的违法记录可能会对肇事方的个人信用记录、再次驾车等方面产生影响。若后续发现新证据或情况，相关部门仍可重新启动调查和处理。
五、法律建议
对于交通肇事逃逸的情况，我建议你：
立即报案：发生交通事故后，应立即向交警部门报案，并积极配合调查处理。
不要逃逸：切勿选择逃逸，以免面临更严重的法律后果。逃逸不仅无法逃避责任，反而会加重处罚。
积极赔偿：如果造成他人损失，应积极赔偿受害者损失，并争取取得谅解。这有助于在后续处理中获得从轻处罚的机会。
咨询专业律师：在处理此类案件时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
如果你有任何关于交通事故责任或其他法律问题的疑问，都可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供全面、准确的法律解答。