结论：安置小区竣工图与实际不符，变更图加高两层在竣工后两个月批下来是否合法，需结合具体情况判断，主要涉及规划变更的合法性、审批程序的合规性以及是否对相关权益人造成不利影响等方面。以下从不同角度进行分析：
一、规划变更的合法性
规划变更的必要性：
- 若因设计错误、施工误差或实际需求变化等原因，导致原竣工图与实际建设情况不符，且加高两层是出于合理、必要的考虑（如增加住宅数量以满足安置需求），则规划变更可能具有合法性。
- 若变更仅出于开发商或建设单位的私利，如增加建筑面积以获取更多经济利益，且未经过合法程序审批，则可能构成违法变更。
规划变更的法律依据：
- 根据《城乡规划法》等相关法律法规，建设项目的规划变更需经过法定程序审批，包括提交变更申请、进行公示、听取利害关系人意见等。
- 若变更图加高两层未经过上述法定程序审批，则可能构成违法建设。
二、审批程序的合规性
审批时间：
- 竣工后两个月才批下来变更图，这一时间节点本身并不直接决定变更的合法性，但需关注审批过程中是否存在拖延、违规操作等情形。
- 若审批程序合法、合规，且变更申请在合理时间内提出并得到及时处理，则审批时间可能不构成违法因素。
审批程序：
- 审批程序需符合相关法律法规的规定，包括提交完整的变更申请材料、进行必要的公示和听证、听取利害关系人意见等。
- 若审批程序存在瑕疵或违规操作，如未进行公示、未听取利害关系人意见等，则可能影响变更的合法性。
三、对相关权益人的影响
对业主的影响：
- 若变更图加高两层导致小区容积率、绿化率等规划指标发生变化，可能影响业主的居住环境和权益。
- 业主有权要求建设单位或开发商就变更事项进行说明，并有权提出异议或要求赔偿。
对相邻权人的影响：
- 变更图加高两层可能对相邻建筑物的采光、通风等造成不利影响。
- 相邻权人有权要求建设单位或开发商采取措施消除影响或进行赔偿。
四、法律建议
核实变更的合法性：
- 建议业主或相关权益人向当地城乡规划主管部门查询变更图的审批情况，核实变更是否经过合法程序审批。
评估影响并主张权益：
- 若变更对业主或相邻权人造成不利影响，建议及时评估损失并主张相应权益，包括要求建设单位或开发商采取补救措施或进行赔偿。
寻求法律援助：
- 若在核实变更合法性或主张权益过程中遇到困难，建议咨询专业律师以获取法律援助和支持。
进一步思考：在处理此类问题时，还需关注变更图加高两层是否符合消防安全、建筑结构安全等方面的要求。若变更导致安全隐患或违反相关安全规定，则可能面临更严重的法律后果。因此，在全面评估变更的合法性时，需综合考虑多个方面的因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。