针对您提出的“年假如果当年没休，公司规定第二年就清零，这样做合法吗”这一问题，我们可以从多个方面进行详细分析。
首先，要明确的是，年休假是劳动者的合法权益，其安排与清零处理都应当严格遵循相关法律法规。关于年假清零是否合法，这并非一个简单的是非问题，而是需要视具体情况来定。
一、合法清零的情况
职工个人原因未休或主动放弃年假：
- 根据《职工带薪年休假条例》，单位有权根据生产、工作的具体情况以及职工的意愿来统筹安排年休假。如果职工因为个人原因，比如没有提出休假申请或者自行放弃了年假，并且单位已经尽到了安排的责任，那么单位在年底将未休的年假清零，并且不需要支付额外的报酬，这是合法的。
- 另外，如果职工主动表示不休年假，并且与单位达成了一致意见，那么该年假在第二年清零也是合法的。
跨年度安排后仍未休：
- 虽然年休假一般不跨年度安排，但如果单位因为生产、工作的特点确实有必要跨年度安排，那么可以跨1个年度进行安排。在这种情况下，如果职工在第二年度仍未休完剩余的年假，并且单位已经履行了相应的协商和安排义务，那么清零处理可能被视为合法。
二、不合法清零的情况
单位未安排或未征得职工同意清零年假：
- 如果单位因为自身的原因，比如工作任务繁忙、没有合理安排休假计划等，导致职工未能在当年休年假，并且未经职工同意就擅自清零年假，这是不合法的。
- 在这种情况下，单位应当依法按照职工日工资收入的300%支付未休年假的工资报酬，这其中包括了正常工作期间的工资收入。
违反法律规定或合同约定：
- 任何违反《劳动法》、《职工带薪年休假条例》等相关法律法规或者劳动合同约定的清零行为，都是不合法的。
三、劳动者如何维护自己的权益
- 如果您遇到了单位不合法清零年假的情况，首先应当与单位进行沟通，明确表达自己的诉求和权益。
- 如果沟通无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，寻求政府的帮助和支持。
- 同时，您也可以考虑通过法律途径来维护自己的权益，比如申请劳动仲裁或者提起诉讼。
四、总结与建议
年假不休第二年是否清零合法，关键在于单位是否依法履行了安排年休假的义务，以及是否征得了职工的同意。单位应当严格遵守相关法律法规，确保职工的年休假权益得到充分保障。同时，职工也应当积极了解自己的年休假权益，遇到不合法清零情况时，要勇敢站出来维护自己的合法权益。建议单位和职工在年休假问题上加强沟通，共同营造和谐的劳动关系。