结论：公司按双倍扣除调休天数是否合法，需结合具体情况判断，若公司规章制度或劳动合同中明确规定了此类扣除方式，且该规定不违反法律法规的强制性规定，则可能是合法的；但若没有明确规定或规定违反法律法规，则公司行为不合法。
分析说明：
公司规章制度与劳动合同的约定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，公司有权制定规章制度，但这些规章制度必须合法、合理，并且需要经过民主程序制定，向劳动者公示或告知。
- 如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了请假时按双倍扣除调休天数的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定（如不违反最低工资标准、不侵犯劳动者休息权等），那么公司按照此规定执行是合法的。
法律法规的强制性规定：
- 劳动者享有休息休假的权利，这是法律赋予的基本权益。公司不能通过规章制度或劳动合同来剥夺或限制这一权益。
- 如果公司按双倍扣除调休天数的做法实际上剥夺了劳动者的休息休假权利，或者违反了法律法规中关于工作时间、休息休假、工资支付等方面的强制性规定，那么这种做法就是不合法的。
实际操作中的合理性：
- 即使公司规章制度或劳动合同中有相关规定，也需要考虑其在实际操作中的合理性。例如，如果公司频繁要求员工加班，然后通过按双倍扣除调休天数的方式来“补偿”，这可能并不合理，因为这实际上是在变相剥夺劳动者的休息时间。
建议与行动：
对于劳动者：
- 首先，查看自己的劳动合同和公司的规章制度，了解是否有关于请假时调休天数扣除的具体规定。
- 如果认为公司的做法不合法或不合理，可以与公司进行协商，要求公司按照法律法规和劳动合同的规定执行。
- 如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对于公司：
- 确保公司的规章制度和劳动合同中的条款合法、合理，并且经过民主程序制定，向劳动者公示或告知。
- 在执行规章制度时，要充分考虑劳动者的权益，避免变相剥夺劳动者的休息时间或违反法律法规的强制性规定。
举例说明：
假设某公司的规章制度中规定：“员工请假一天，将按双倍扣除调休天数。”如果这一规定在劳动合同中也有明确体现，并且该规定没有违反法律法规的强制性规定（如没有导致员工月工作时间超过法定标准、没有侵犯员工休息权等），那么公司按照此规定执行是合法的。但如果这一规定实际上导致员工无法享受正常的休息休假，或者违反了法律法规中关于工作时间、休息休假等方面的规定，那么这种做法就是不合法的。