结论：商铺退回开发商是否可以退税以及是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及契税、增值税及个人所得税等税种的处理。以下从不同税种及法律角度进行详细分析。
一、契税的处理
契税的退还条件：
- 根据《中华人民共和国契税法》及相关规定，契税是在土地、房屋权属发生转移时，对产权承受人征收的一种税。若商铺退回开发商，实质上是房屋权属的转移行为被撤销或解除，理论上契税应予以退还。
- 但需注意，契税的退还通常需满足一定条件，如合同无效、被撤销或解除，且需提供相关证明材料，如法院判决书、仲裁裁决书或合同解除协议等。
实际操作中的难点：
- 契税的退还并非自动进行，需纳税人主动向税务机关申请，并提供完整的证明材料。
- 税务机关在审核过程中，可能会要求纳税人提供额外的证明文件或进行实地核查，以确认契税退还的合法性。
二、增值税的处理
增值税的缴纳与退还：
- 若开发商在销售商铺时已缴纳增值税，且后续因各种原因（如合同解除、退房等）需要退还商铺，则增值税的处理需根据具体情况判断。
- 一般情况下，若商铺已办理产权过户手续，且增值税已缴纳，则退还商铺时增值税不予退还。但若因开发商原因导致合同解除，且开发商同意承担增值税损失，则可能涉及增值税的退还或补偿问题。
特殊情况下的处理：
- 若商铺未办理产权过户手续，且增值税尚未缴纳，则退还商铺时无需缴纳增值税，也不存在退还问题。
- 若涉及增值税的免税或减税政策（如个人销售住房满足一定条件可免征增值税），则需根据具体政策规定进行处理。
三、个人所得税的处理
个人所得税的缴纳：
- 若购房者因退还商铺而获得开发商支付的违约金、赔偿金等收入，则需根据《中华人民共和国个人所得税法》及相关规定缴纳个人所得税。
- 个人所得税的缴纳通常基于收入金额及适用税率进行计算。
个人所得税的退还：
- 若购房者已缴纳个人所得税，但后续因合同解除等原因导致收入未实际取得或需退还开发商，则可能涉及个人所得税的退还问题。
- 个人所得税的退还需根据税务机关的规定进行申请，并提供相关证明材料。
四、合法性的判断
合同解除的合法性：
- 商铺退回开发商是否合法，首先需判断合同解除的合法性。若合同解除符合《中华人民共和国民法典》及相关法律法规的规定（如双方协商一致、一方违约导致合同解除等），则合同解除合法有效。
税务处理的合法性：
- 税务处理需严格遵守《中华人民共和国税收征收管理法》及相关税种法律法规的规定。若税务处理符合法律规定，则合法有效；若存在偷逃税等违法行为，则可能面临法律制裁。
五、建议与注意事项
咨询专业税务机关：
- 在处理商铺退回开发商的税务问题时，建议咨询当地税务机关或专业税务律师，以获取准确的税务处理意见。
保留相关证明材料：
- 在处理过程中，务必保留好相关证明材料（如合同、发票、法院判决书等），以便在需要时提供给税务机关或法院进行核查。
关注政策变化：
- 税务政策可能随时间发生变化，建议及时关注相关政策动态，以确保税务处理的合法性和准确性。
总结：商铺退回开发商是否可以退税以及是否合法，需根据具体情况判断，并涉及契税、增值税及个人所得税等税种的处理。在处理过程中，建议咨询专业税务机关或律师，并保留好相关证明材料。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。