当双方都有取现金凭证，且借款后已归还但现借款人起诉不承认归还时，这确实是一个比较棘手的问题。不过，您可以通过以下步骤来维护自己的合法权益：
一、全面收集证据
证人证言：
- 尽可能寻找当时在场的其他人作为证人，他们亲眼目睹了还款过程，可以提供有力的证词。
- 如果有多个证人，他们的证言将相互印证，增强证据的说服力。
录音或录像：
- 如果在还款时有录音或录像设备记录下了相关过程，这些资料将作为直接证据，非常有力。
- 确保录音或录像的取得是合法的，不能采用窃听等非法手段，否则证据可能无效。
书面材料：
- 检查是否有任何与借款和还款相关的书面材料，如借条、收据、短信、微信聊天记录等。
- 即使借条上未明确标注“已还清”字样，但如果有其他书面材料能够间接证明还款事实，也可以作为辅助证据。
银行取款凭证：
- 如果您是从银行取款后以现金方式还款，务必保留好取款凭证，以证明资金来源和还款能力。
通话录音：
- 在与对方沟通还款事宜时，可以进行通话录音，尽量引导对方承认还款事实，这将作为有力证据。
二、考虑法律途径
起诉至法院：
- 如果协商无果，您可以向法院提起诉讼，要求对方确认还款事实并承担相应责任。
- 在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来证明还款事实，包括上述收集的各类证据。
申请测谎（可选）：
- 在某些情况下，如果证据不够充分或存在争议，您可以向法院申请对双方进行测谎测试。
- 但需注意，测谎结果并非绝对准确，且可能受到多种因素的影响，因此应谨慎使用。
执行判决：
- 如果法院判决您胜诉，而对方仍然拒绝承认还款或履行判决义务，您可以向法院申请强制执行。
- 法院将采取相应措施，如查封、扣押、拍卖对方财产等，以强制对方履行判决。
三、注意事项
保留所有证据：
- 在整个过程中，务必妥善保管所有与借款和还款相关的证据材料，以防丢失或损坏。
及时采取行动：
- 一旦发现对方不承认还款事实，应尽快采取措施收集证据并寻求法律帮助，避免错过诉讼时效。
避免情绪化行为：
- 在处理此类纠纷时，应保持冷静和理性，避免采取过激行为导致矛盾激化或影响证据收集。
咨询专业律师：
- 如果您对法律程序不熟悉或证据收集有困难，建议咨询专业律师的意见和帮助。
- 律师将根据您的具体情况提供针对性的法律建议和策略，帮助您更好地维护自己的合法权益。