在楼顶种菜是否违法及罚款金额需分情况讨论，具体如下：

1. 若楼顶属于业主共有部分
   根据《民法典》第271条，业主对共有部分享有共有和共同管理的权利。若未经全体业主同意（如未通过业主大会表决），擅自占用楼顶种菜可能构成对共有部分的侵权。此时，行政机关可能依据《物业管理条例》第63条，责令限期改正；逾期未改正的，可对个人处1000元以上1万元以下罚款，对单位处5万元以上20万元以下罚款。

2. 若楼顶属于专有部分（如顶层业主独用）
   业主有权合理使用专有部分，但需遵守《民法典》第288条的相邻权原则。若种菜行为导致漏水、异味、蚊虫滋生等影响其他业主正常生活，或违反当地《城市市容和环境卫生管理条例》（如禁止在建筑物顶部堆放杂物），可能面临行政处罚。罚款金额因地区而异，例如《北京市市容环境卫生条例》规定，此类行为可处200元以上2000元以下罚款。

3. 特殊情形：改变楼顶用途需规划许可
   若种菜涉及搭建棚架、改造结构等行为，可能违反《城乡规划法》第64条，属于“未取得建设工程规划许可证建设”。此时，行政机关可责令限期拆除，并处建设工程造价5%-10%的罚款（个人违法建设通常罚款较低，但若涉及商业经营可能加重处罚）。

建议：

• 先确认楼顶权属（查看购房合同或物业规划图）；
  
• 若为共有部分，需通过业主大会表决同意；
  
• 若为专有部分，需确保不侵害相邻权，并遵守地方性法规；
  
• 涉及改造时，务必向规划部门申请许可。
  

如有具体场景或地方政策疑问，可直接向我咨询，我会结合您所在地区的法规进一步分析。