在民事案件中，书记员的回避决定主体根据具体情况有所不同，但主要由审判长或独任审判员负责。以下是对这一问题的详细解答：

一、一般情况下的回避决定

在大多数情况下，书记员的回避由审判长或独任审判员决定。审判长或独任审判员作为案件审理过程中的核心组织者，负责指挥庭审等诉讼活动，并有权对与案件相关的程序性事项，包括书记员的回避申请，进行审查并作出决定。这一原则适用于普通民事合同纠纷案件等大多数情形，当当事人认为书记员与对方当事人存在可能影响公正的关系而提出回避申请时，审判长或独任审判员将对该申请进行审查并决定是否准许。

二、特殊情况下的回避决定

1. 案件审理开始前的回避申请：如果当事人在案件尚未正式进入庭审阶段就提出了书记员的回避申请，此时由于审判长或独任审判员可能尚未正式介入案件，或者因其他原因无法行使回避决定权，则由法院院长来决定书记员是否回避。

2. 审判长或独任审判员自身需要回避的情形：当审判长或独任审判员因与案件存在利害关系或其他原因而不能行使回避决定权时，同样需要由法院院长来作出书记员是否回避的决定。

3. 院长担任审判长或独任审判员时的回避问题：如果院长亲自担任审判长或独任审判员，并且出现了需要回避的情况，此时应由审判委员会来决定书记员的回避问题，以确保回避决定的公正性和权威性。

三、回避申请的提出与处理

• 当事人在认为书记员存在可能影响案件公正审理的情况时，均有权提出回避申请。申请应明确说明回避的理由和依据，并提交给相应的决定主体（审判长、独任审判员或法院院长）进行审查。
• 决定主体在收到回避申请后，应仔细审查申请理由和相关情况，然后依法作出是否准许回避的决定。若决定支持回避申请，应及时更换书记员；若决定驳回回避申请，应向当事人说明理由。
• 当事人对决定不服的，可依法申请复议，以确保其合法权益得到保障。

四、实际应用与注意事项

在实际应用中，当事人应充分了解并正确运用回避制度，以保障自己的合法权益不受侵害。同时，也需要注意以下几点：

• 回避申请应当及时提出，以免影响案件的审理进度。
• 申请回避时，应提供充分的证据或理由，以支持自己的申请。
• 对回避决定不服的，应及时申请复议，以免错过救济时机。

综上所述，民事案件中书记员的回避决定主体根据具体情况有所不同，但主要由审判长或独任审判员负责。在特殊情况下，如案件审理开始前或审判长、独任审判员自身需要回避时，由法院院长决定；若院长担任审判长或独任审判员并需要回避，则由审判委员会决定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。