针对原判决在本院认为得出的结论与在案证据指向恰恰相反的情况，再审时主要可适用以下再审事由：
原判决、裁定认定事实的主要证据不足：
- 法律解释：根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百零七条（或相应刑事诉讼法的再审条款，具体取决于案件类型）的规定，如果原判决、裁定认定事实的主要证据不足，即证据不足以支持判决结论，那么这构成了再审的法定事由。在您所描述的情况下，由于本院认为的结论与在案证据指向相反，显然存在认定事实的主要证据不足的问题。
- 应用建议：在申请再审时，应详细列举并分析原判决中认定事实的主要证据，指出这些证据与判决结论之间的矛盾之处，以及为何这些证据不足以支持原判决。
原判决、裁定认定事实的主要证据是伪造的或未经质证：
- 法律解释：如果原判决、裁定所依据的主要证据是伪造的，或者这些证据在庭审过程中未经质证，那么这也构成了再审的法定事由。虽然您未直接提及证据伪造或未经质证的情况，但在分析证据与判决结论相反时，也应考虑是否存在证据真实性问题或程序瑕疵。
- 应用建议：若怀疑证据伪造，应提供相应线索或证据；若证据未经质证，则应指出庭审程序中的这一瑕疵，并说明其对判决结果的影响。
原判决、裁定适用法律确有错误：
- 法律解释：除了事实认定问题外，如果原判决、裁定在适用法律上存在错误，如错误地解释了法律条文、错误地适用了法律条款等，这也构成了再审的法定事由。在您所描述的情况下，如果本院认为的结论与法律条文或法律原则相悖，那么可能存在适用法律错误的问题。
- 应用建议：在申请再审时，应详细分析原判决在适用法律上的错误之处，包括法律条文的解释、法律原则的适用等，并说明正确的法律适用方式。
再审申请的具体流程与注意事项：
- 准备再审申请书：应详细阐述再审事由、事实与理由，并附上相关证据材料。
- 提交再审申请：将再审申请书及相关证据材料提交至有管辖权的人民法院。
- 等待审查与裁定：人民法院将对再审申请进行审查，并作出是否裁定再审的决定。
- 参与再审程序：如果人民法院裁定再审，您将需要参与再审程序，包括庭审、辩论等环节。
在申请再审时，还需注意以下几点：
- 时效性：再审申请应在法定期限内提出，逾期将可能丧失再审机会。
- 证据收集与整理：应充分收集并整理与再审事由相关的证据材料，以支持再审申请。
- 法律咨询与代理：由于再审程序涉及复杂的法律问题与程序要求，建议寻求专业律师的帮助与代理。
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