违法用地补办用地手续时，是否可以协议出让需分情况讨论，具体结论如下：
符合规划且满足协议出让条件时，可以协议出让
根据《协议出让国有土地使用权规定》（国土资源部令第21号）第三条，协议出让需满足“供应的商业、旅游、娱乐和商品住宅等各类经营性用地以外用途的土地，且同一地块只有一个意向用地者”的条件。若违法用地项目符合土地利用总体规划、城乡规划，且用途属于工业、仓储、基础设施等非经营性用途（或经营性用途但唯一意向者），在依法处罚（如没收、罚款、拆除等）并补办手续后，可通过协议出让方式完善用地手续。
关键点：需完成行政处罚、补缴土地出让金、取得规划许可等前置程序，且协议出让价格不得低于国家规定的最低价标准。
不符合规划或属于经营性用途且存在竞争时，不得协议出让
若违法用地项目违反土地利用总体规划或城乡规划（如占用永久基本农田、生态保护红线等），或用途为商业、住宅等经营性用途且存在多个意向用地者，则必须通过招标、拍卖、挂牌等公开竞争方式出让土地使用权。此时即使补办手续，也无法直接协议出让。
法律依据：《招标拍卖挂牌出让国有建设用地使用权规定》（国土资源部令第39号）第四条明确，工业、商业、旅游、娱乐和商品住宅等经营性用地必须公开出让。
地方政策差异需特别关注
部分地区可能出台细化规则，例如对历史遗留违法用地问题设置过渡期政策，或对特定产业（如乡村振兴项目）放宽协议出让条件。但此类政策需以地方性法规或规范性文件为依据，且不得突破上位法框架。
建议：补办手续前应向当地自然资源主管部门核实具体政策，避免因程序瑕疵导致手续无效。
实务提示：违法用地补办手续的核心是“先处罚后补办”，即必须先接受行政处罚（如没收违法所得、罚款、限期拆除等），再依法完善用地审批、规划许可、土地出让等程序。协议出让仅是土地供应方式之一，是否适用需严格结合用地性质、规划条件及地方政策综合判断。如有具体项目，可进一步提供用地性质、规划情况等信息，我会为您分析操作路径。