结论：房产的归属问题需结合协议内容、出资情况及相关法律规定综合判断。若协议合法有效且明确约定房产归属大女儿，则房产归大女儿所有；若协议存在瑕疵或未明确约定，则可能需依据出资情况、法律规定及实际居住使用情况等综合判定。
详细分析：
协议的法律效力：
- 合法有效的协议：如果大女儿与父亲之间签订的共建房协议是双方真实意思表示，且内容合法，不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么该协议是合法有效的。在协议中，如果明确约定了房产的归属，比如“房产归大女儿所有”，那么这一约定应当受到法律保护，房产应归大女儿所有。
- 协议存在瑕疵：如果协议存在瑕疵，比如一方在签订协议时存在欺诈、胁迫等情形，或者协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，那么该协议可能被认定为无效或可撤销。在这种情况下，房产的归属就不能单纯依据协议来判断，而需要结合其他因素来综合判定。
出资情况的影响：
- 大女儿出资共建：如果大女儿确实出资共建了房屋，并且这一出资行为在协议中得到了确认，或者有其他证据能够证明大女儿的出资情况，那么这一出资行为可以作为判断房产归属的一个重要因素。在协议无效或未明确约定房产归属的情况下，大女儿的出资行为可能使其对房产享有一定的权益。
- 出资与产权的关系：然而，出资并不必然导致产权的归属。在房产登记在父亲一人名下的情况下，如果仅凭出资行为就主张房产归大女儿所有，可能缺乏充分的法律依据。因此，在判断房产归属时，还需要考虑其他因素，如协议内容、法律规定等。
相关法律规定：
- 不动产物权登记：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。因此，在房产登记在父亲一人名下的情况下，从法律形式上看，房产应归父亲所有。
- 协议与登记的冲突：然而，如果协议中明确约定了房产的归属，并且这一约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么在实际操作中，可能会根据协议内容来判定房产的归属。特别是在协议合法有效且双方均认可的情况下，房产的归属可能会以协议为准。
实际居住使用情况：
- 居住使用与产权的关系：虽然实际居住使用情况不是判断房产归属的直接依据，但在某些情况下，它可能作为辅助证据来支持某一方的主张。比如，如果大女儿一直居住使用该房屋，并且有证据证明其出资共建了房屋，那么这可能在一定程度上支持其主张房产归其所有的观点。
建议：
- 完善协议内容：如果协议尚未签订或签订时存在瑕疵，建议双方尽快完善协议内容，明确约定房产的归属、出资比例、使用权益等事项，以避免未来可能出现的纠纷。
- 保留出资证据：大女儿应保留好出资共建房屋的相关证据，如转账记录、收据、发票等，以便在需要时证明自己的出资情况。
- 咨询专业律师：由于房产归属问题涉及复杂的法律关系和事实认定，建议双方在处理此类问题时咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到充分保护。
后续行动：
- 如果双方能够就房产归属问题达成一致意见，可以签订书面协议并办理相关手续（如过户等）以确认房产的归属。
- 如果双方无法就房产归属问题达成一致意见，可以考虑通过诉讼等法律途径来解决纠纷。在诉讼过程中，法院将根据协议内容、出资情况、相关法律规定及实际居住使用情况等综合判定房产的归属。