结论：法院是否有权决定不予补偿评估合法的养殖场在禁养后的清退费及停产停业损失费，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、法律框架下的补偿原则
在征地拆迁及环保禁养等法律框架下，对于因政策调整或公共利益需要而导致的养殖场关闭或搬迁，通常应给予合理的补偿。这包括但不限于清退费（即搬迁费用、设备折旧等）和停产停业损失费（即因停产停业而导致的直接经济损失）。这些补偿原则旨在保障养殖场主的合法权益，避免其因政策调整而遭受不合理的经济损失。
二、法院的裁判权与补偿评估
法院的裁判权：
- 法院在审理相关案件时，具有独立的裁判权，可以根据事实和法律对案件进行裁决。
- 如果养殖场主与政府部门或相关方就补偿问题产生争议，并诉诸法院，法院将依法进行审理，并作出裁决。
补偿评估的必要性：
- 在大多数情况下，为了确定合理的补偿金额，需要进行补偿评估。这通常涉及对养殖场的资产、设备、存货、停产停业损失等进行专业评估。
- 补偿评估是确保补偿公平、合理的重要环节，有助于避免主观臆断和不合理补偿。
法院不予补偿评估的情形：
- 法律明确规定：如果相关法律、法规或政策明确规定了在某些情况下不需要进行补偿评估，或者规定了特定的补偿标准，法院可能会依据这些规定作出裁决，而不进行额外的补偿评估。
- 双方达成一致：如果养殖场主与政府部门或相关方在诉讼前或诉讼过程中就补偿问题达成了一致意见，并签署了相关协议，法院可能会尊重双方的意愿，而不进行补偿评估。
- 证据不足或无法评估：如果由于养殖场主未能提供足够的证据或由于其他原因导致无法进行补偿评估，法院可能会根据现有证据和法律规定作出裁决，这可能包括不予补偿或给予较低的补偿。
三、实际操作中的建议
保留证据：
- 养殖场主应妥善保留与养殖场相关的所有证据，包括资产清单、设备购买发票、存货记录、停产停业损失的计算依据等。
- 这些证据将在补偿评估和法院审理过程中发挥重要作用。
寻求专业评估：
- 在可能的情况下，养殖场主应寻求专业的评估机构对养殖场进行补偿评估，以确定合理的补偿金额。
- 专业评估报告将作为法院审理案件的重要参考依据。
法律途径解决争议：
- 如果养殖场主与政府部门或相关方就补偿问题无法达成一致意见，可以通过法律途径解决争议。
- 在诉讼过程中，养殖场主应积极配合法院的审理工作，提供必要的证据和材料。
进一步思考：在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同，因此法院的裁决也会因案件而异。如果你面临类似的问题，建议直接向我咨询，提供详细的案件情况和证据材料，以便我能够为你提供更具体、更专业的法律建议。